ICS35.240.80 C07 团体标 准 T/CHIA21.3-2021 组学样本处理与数据分析标准 第3部分：转录组样本处理 Specificationofomicssampleprocessinganddataanalysis Part3:transcriptomesampleprocessing 2021-07-11发布 2021-08-01实施 中国卫生信息与健康医疗大数据学会 发布 全国团体标准信息平台 T/CHIA21.3-2021 I目次 前言....................................................................................................................................................II 引言...................................................................................................................................................III 1范围.................................................................................................................................................1 2规范性引用文件.............................................................................................................................1 3术语和定义.....................................................................................................................................1 4多细胞转录组样本处理.................................................................................................................1 5单细胞转录组样本处理.................................................................................................................5 参考文献.............................................................................................................................................7 全国团体标准信息平台 T/CHIA21.3-2021 II前言 本文件按照GB/T1.1-2020给出的规则起草。 T/CHIA21《组学样本处理与数据分析标准》分为以下五部分： ――第1部分：全基因组测序数据分析； ――第2部分：全外显子组测序数据分析； ――第3部分：转录组样本处理； ――第4部分：转录组文库构建； ――第5部分：转录组测序数据分析。 本文件为T/CHIA21的第3部分。 本文件由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）提出，由中国卫生信息 与健康大数据学会归口。 本文件主要起草单位：中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）、中国科 学院生物物理研究所、浙江大学、复旦大学、清华大学、中国人民解放军总医院、北京蛋 白质组研究中心、中国科学院微生物研究所、北京大学人民医院、中国科学院上海营养与 健康研究所、中南大学和空军军医大学（第四军医大学）。 本文件主要起草人：方向东、陈润生、金力、何昆仑、李亦学、张学工、何顺民、段 会龙、周水庚、渠鸿竹、辛子娟、王霞、吕旭东、朱云平、马俊才、杨忠、石乐明、吴松 峰、吴林寰、王振、陈先来、吴珏、张昭军、娄晓敏、阮修艳、单广乐。 全国团体标准信息平台 T/CHIA21.3-2021 III引言 《组学样本处理与数据分析标准第3部分：转录组样本处理》为生命科学领域提取样 本RNA提供一套术语规范、定义明确、语义语境无歧义，防止术语不规范等问题。 转录组样本处理，是转录组数据获取与解读的第一步，直接影响后续的结果，建立转 录组样本处理操作标准，能够有效地使转录组数据分析进行顺利，数据解读规范化，准确 地辅助个体疾病风险评估。与此同时，转录组样本处理规范化也能够消除数据之间的批次 效应，充分利用数据。本文件为不同样本RNA的提取提供统一标准。 全国团体标准信息平台 T/CHIA21.3-2021 1组学样本处理与数据分析标准 第3部分：转录组样本处理 1范围 本文件给出了转录组样本处理过程中的的术语和定义以及相关操作。 本文件适用于转录组样本的处理。 2规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅所注日期的版 本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本 文件。 T/CHIAXX.3—2020健康医疗大数据信息资源目录体系第3部分：基本元数据 3术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 3.1 转录组transcriptome 转录组是指编码蛋白质的mRNA及非编码RNA的所有RNA分子的集合，包括rRNA、 tRNA、lncRNA、pri-miRNA等。 3.2 冰冻切片frozensection 冰冻切片是一种在低温条件下使组织快速冷却到一定硬度，然后进行切片的方法。因 其制作过程较石蜡切片快捷、简便，而多应用于手术中的快速病理诊断。冰冻切片的种类 较多，有低温恒冷箱冰冻切片法，二氧化碳冰冻切片法，甲醇循环制冷冰冻切片法等。 3.3 单细胞转录组测序single-cellRNA-seq 单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq，scRNA-seq）是在单细胞水平对转录组进行 扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量转录组RNA通过扩增后进行 高通量测序。目前单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展，从而使得可在单细胞水平揭 示全基因组范围内所有基因的表达情况，非常有利于研究细胞间的表达异质性。 4多细胞转录组样本处理 4.1样本预处理 4.1.1动物组织样本 1)优先选用新鲜采集的样品，其次才是冻存的样品。采集样品时应根据研究需要， 尽量选取核酸含量较多的部位。 2)动物样品采集时建议活体取材后用生理盐水进行漂洗，以去除血渍和污物，并剔 全国团体标准信息平台 T/CHIA21.3-2021 2除结缔组织和毛发等非研究组织，将样品分割成50mg左右的小块（组织块越小，保存效 果越好），样品分割和处理时应尽量在冰上进行，防止样品降解。 3)对肿瘤组织的取材，为了保证结果的准确可靠，应尽可能准确地判定肿瘤组织和 正常组织，如果有可能请根据冰冻切片报告的结果来判断要进行研究的取材部位，取样后 液氮速冻，需要运输时放置干冰上运输。 4)样品采集时建议将样品按照一次提取的量进行分管保存，避免提取时由于二次分 管和并管引起样品降解。 5)锡箔纸包装的组织样品，折叠时需有纹理可循，避免打开锡箔纸时样品洒落。 6)所有动物组织样品均建议离体后立即液氮冻存，然后-80℃或者液氮保存。条件允 许时使用破碎仪将组织放到TRIzol里匀浆化后冻存效果最佳。 4.1.2植物组织样本 1)优先选用新鲜采集的样品，其次才是冻存的样品。采集样品时应选取核酸含量较 多的部位，如植物的幼嫩部位。 2)植物样品采集时建议用无菌水或75%乙醇擦拭或冲洗干净，再用吸水纸吸干样 品表面。 3)样品采集时建议将样品按照一次提取的量进行分管保存，避免提取时由于二次分 管和并管引起样品降解。 4)锡箔纸包装的组织样品，折叠时需有纹理可循，避免打开锡箔纸时样品洒落。 5)所有植物组织样品均建议离体后立即液氮冻存，然后-80℃或者液氮保存。条件允 许时使用破碎仪将组织放到TRIzol里匀浆化后冻存效果最佳。 4.1.3菌体样品 1)细菌样品建议收集液体培养基中对数生长期的菌体。 2)水体微生物样品建议将用滤膜过滤水体，将微生物富集在滤膜上，然后将滤膜冻 干。 3)土壤样品强烈建议使用5mLEP管进行装载，使用自封袋容易撒漏导致样品交叉 污染。条件允许时及时将菌体分离出放到TRIzol里后冻存效果最佳。 4.1.4血液样品（哺乳动物） 用于提取TotalRNA的血液，强烈建议分离白细胞或使用血液保护剂。 4.1.4.1白细胞的分离方法 进行血浆（不能少于5mL）、白细胞分离，血浆于2mLEP管中，-80℃保存；向白 细胞中加入1.5mLTRIzol，颠倒混匀数次，室温放置10min，干冰运输。 1)将全血（5mL）静置20分钟，然后4℃离心机1600g离心10min; 2)将上层血浆转移至新的EP管中，4℃离心机16,000g离心10min，取上层血浆 于新的EP管中，-80℃保存，丢弃沉淀物; 3)将中间层免疫细胞转移至新的EP管中，用1:5的红细胞裂解液处理5min，期 间不断混