(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210463416.1 (22)申请日 2022.04.29 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114561497 A (43)申请公布日 2022.05.31 (73)专利权人 北京生物制品研究所有限责任公 司 地址 100176 北京市大兴区北京经济技 术 开发区博兴二路9号院4 号楼2层205室 (72)发明人 杨晓明　王辉　梁宏阳　赵玉秀　 王展慧　何振玉　郭彦岑　贺瑶　 (74)专利代理 机构 北京三友知识产权代理有限 公司 11127 专利代理师 韩蕾　张德斌 (51)Int.Cl. C12Q 1/70(2006.01) C12Q 1/686(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (56)对比文件 CN 114369688 A,2022.04.19US 202131 1054 A1,2021.10.07 CN 113846189 A,2021.12.28 Mamdouh Sibai 等.“Development and evaluati on of an RT-qPCR for the identificati on of the SARS- CoV-2 Omicron variant”. 《J Clin Virol》 .2022,第148卷 王雪宁等.“新型冠状病毒(SARS- CoV-2)的 检测技术”. 《生命的化学》 .2020,第40卷(第8 期), Antonio Lentini等.“Monitoring of the SARS-CoV-2 Omicron BA.1/BA.2 variant transiti on in the Swedish populati on reveals higher viral quantity i n BA.2 cases”. 《MedRxiv》 .202 2, Hongling Jia等. “Genetic analysis of a SARS-CoV-2 Omicron variant from a C hinese traveller return ing from overseas ”. 《Emergi ng Microbes & I nfections》 .2022,第 11卷 审查员 夏士博 (54)发明名称 鉴别新型冠状病毒Omicron株B A.1亚系的引 物、 探针及其应用 (57)摘要 本发明提供了一种鉴别新型冠状病毒 Omicron株B A.1亚系的引物、 探针及其应用。 本发 明的引物包括如SEQ  ID NO.1所示序列的引物和 如SEQ ID NO.2所示序列的引 物。 本发明的探针 包括如SEQ  ID NO.3所示序列的探针。 利用本发 明的引物和探针， 可通过PCR方法将新型冠状病 毒Omicron株BA.1亚系与其 他毒株鉴别区分开。 权利要求书1页 说明书7页 序列表3页 附图3页 CN 114561497 B 2022.08.19 CN 114561497 B 1.一种用于双重探针qPCR方法鉴别新型冠状病毒Omicron株BA.1亚系的引物和探针的 组合物， 其特征在于， 所述引物包括如SEQ  ID NO.1所示序列的引物和如SEQ  ID NO.2所示 序列的引物： SEQ ID NO.1： 5’ ‑TAAAATATATTCTAAGCACACGC C‑3’； SEQ ID NO.2： 5’ ‑CTACCAATGGTTCTAAAGCC‑3’； 所述探针包括如SEQ  ID NO.3所示序列的探针和如SEQ  ID NO.4所示序列的探针： SEQ ID NO.3： 5’ ‑GCGTGAGC CAGAAGATCTCC‑3’； SEQ ID NO.4： 5’ ‑GTGCGTGATCTC CCTCAG‑3’。 2.根据权利要求1所述的用于双重探针qPCR方法鉴别新型冠状病毒Omicron株BA.1亚 系的引物和探针的组合物， 其特 征在于， 所述探针是 经荧光基团修饰的， 所述 修饰包括： 探针序列5 ’端碱基采用荧光报告基团修饰， 同时探针序列3 ’端碱基采用荧光淬灭基团 修饰； 其中， 如SEQ  ID NO.3所示序列的探针5 ’端碱基采用荧光报告基团CY5修饰， 如SEQ  ID  NO.4所示序列的探针5 ’端碱基采用荧 光报告基团FAM修饰。 3.一种用于双重探针qPCR方法鉴别新型冠状病毒Omicron株BA.1亚系的试剂盒， 其特 征在于， 所述试剂盒包 含： 权利要求1或2所述的引物和探针的组合物。 4.根据权利要求3所述的试剂 盒， 其特征在于， 所述试剂 盒还包括阳性质控 品和阴性质 控品； 所述阳性质控品包括新型冠状病毒Omicron株BA.1亚系S基因标准质粒模板， 所述阴 性质控品包括BA.1亚系外其它新型 冠状病毒S基因标准质粒模板 。 5.一种非诊断目的的权利要求1或2所述的引物和探针的组合物或权利要求3或4所述 的试剂盒在体外双重探针qPCR方法鉴别样品中是否存在新型冠状病毒Omicr on株BA.1亚系 的应用。 6.根据权利要求5所述的应用， 其特征在于， 通过PCR反应鉴别样品中是否存在新型冠 状病毒Omicron株BA.1亚系， 所述引物在PCR反应体系中的终浓度为0.1 ‑10 μM， 所述探针在 PCR反应体系中的终浓度为0.1 ‑10 μM。 7.根据权利要求6所述的应用， 其特征在于， 其中如SEQ  ID NO.3所示序列的探针的扩 增曲线为S型曲线， 鉴定为 新型冠状病毒O micron株BA.1亚系阳性。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114561497 B 2鉴别新型冠状病毒Omicron 株BA.1亚系 的引物、 探针及其应用 技术领域 [0001]本发明是关于一种鉴别新型冠状病毒 Omicron株BA.1亚系的引物、 探针及其应用， 更具体地说是关于一种针对新型冠状病毒Omicron株BA.1亚系S基因N211 ‑和L212I突变位 点的引物、 探针、 试剂盒和检测方法， 属于分子生物学检测技 术领域。 背景技术 [0002]新型冠状病毒 （SARS ‑CoV‑2） 感染可引起呼吸道症状、 发热、 咳嗽、 气促和呼吸困难 等， 严重者可导致新型冠状病毒肺炎 （COVID ‑19） 。 随着新型冠状病毒在人群中的传播， 病毒 基因组发生了许多突变， 其中发生在保护性抗原S蛋白关键氨基酸位点的突变， 可能导致病 毒的传播能力和致病性增强， 并且降低现有疫苗的保护效果。 同其他新型冠状毒株相比， Omicron变异 株的传染性和传播能力显著增强。 Omicron株有三个亚系， 分别是B A.1， BA.2和 BA.3， 其中BA.1是比较流行的一个亚系， BA.2和BA.3相对比较少见。 快速、 准确地鉴别新型 冠状病毒O micron株BA.1亚系具有重要意 义。 发明内容 [0003]本发明的一个目的在 于提供一种用于鉴别新型冠状病毒 Omicron株BA.1亚系的引 物。 [0004]本发明的另一目的在 于提供一种用于鉴别新型冠状病毒 Omicron株BA.1亚系的探 针。 [0005]本发明的另一目的在 于提供一种用于鉴别新型冠状病毒 Omicron株BA.1亚系的试 剂盒。 [0006]本发明的另一目的在于提供所述引物、 探针或试剂盒用于鉴别新型冠状病毒 Omicron株BA.1亚系的相关应用。 [0007]一方面， 本 发明提供了一种鉴别新型冠状病毒Omicron株BA.1亚系的引物， 其包括 如SEQ ID NO.1所示序列的引物和如SEQ  ID NO.2所示序列的引物： [0008]SEQ ID NO.1： 5’ ‑TAAAATATATTCTAAGCACACGC C‑3’； [0009]SEQ ID NO.2： 5’ ‑CTACCAATGGTTCTAAAGCC‑3’。 [0010]本发明的鉴别新型冠状病毒Omicron株BA.1亚系的引物是针对新型冠状病毒 Omicron株BA.1亚系S蛋白而设计。 相比于原型株， 新型冠状病毒Omicron株BA.1亚系的突变 位点有： A67V、 △69‑70、 T95I、△142‑144、 Y145D、 N211 ‑、 L212I、 G339D、 S371L、 S373P、 S375F、 K417N、 N440K、 G446S、 S447N、 T478K、 E484A、 Q493R、 G496S、 Q498R、 N501Y、 Y505H、 T547K、 D614G、 H655Y、 N679K、 P681H、 N764K、 D796Y、 N856K、 Q954H、 N9 69K、 L981F。 具体而言， 本发明的 鉴别新型 冠状病毒O micron株BA.1亚系的引物是基于N21 1‑和L212I突变位点而设计。 [0011]另一方面， 本 发明还提供了一种鉴别新型冠状病毒Omicron株BA.1亚系的探针， 所 述探针包括： [0012]如SEQ ID NO.3所示序列的探针：说　明　书 1/7 页 3 CN 114561497 B 3