(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210399730.8 (22)申请日 2022.04.15 (71)申请人 江西省儿童医院 地址 330006 江西省南昌市阳明路12 2号 (72)发明人 李红　易丽君　 (74)专利代理 机构 广州科粤专利商标代理有限 公司 44001 专利代理师 黄培智　刘明星 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12Q 1/686(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种IKZF1基因外显子2-3多倍体检测试剂 盒 (57)摘要 本发明公开了一种IKZF1基因外显子2 ‑3多 倍体检测试剂盒。 KZF 1基因外显子2 ‑3和RPPH1基 因的检测引物和探针组， 具体如下： IKZF1 ‑F： 5’ ‑ GTAAGCGATACTCCAGATGAGG ‑3’； IKZF1‑R： 5’ ‑ CACGACTCTGTCACTCTTGG ‑3’； IKZF1‑Probe： 5’ ‑ FAM‑CGATGAGCCCATGCCGATCCC ‑BHQ1‑3’； RPPH1‑ F： 5’ ‑GGCGGATGCCTCCTTTG ‑3’； RPPH1‑R： 5’ ‑ TACCTCACCTCAGCCATTGA ‑3’； RPPH1‑Probe： 5’ ‑ HEX‑ACTTCGCTGGCCGTGAGT CTGTTC‑BHQ2‑3’。 本发 明采用的数字PCR  IKZF1基因外显子2 ‑3多倍体 检测方法， 其特点为单管反应， 同时对RPPH1基因 和IKZF1外显子2 ‑3进行定量， 通过二者比值判断 IKZF1基因外显子 是否存在多倍体， 验操作 简便， 检测时间短， 成本 较低。 权利要求书1页 说明书5页 序列表2页 CN 115161393 A 2022.10.11 CN 115161393 A 1.IKZF1基因外 显子2‑3和RPPH1基因的检测引物和探针组， 其特 征在于， 具体如下： IKZF1‑F： 5’ ‑GTAAGCGATACTC CAGATGAG G‑3’； IKZF1‑R： 5’ ‑CACGACTCTGTCACTCT TGG‑3’； IKZF1‑PROBE： 5’ ‑FAM‑CGATGAGC CCATGCCGATCCC‑BHQ1‑3’； RPPH1‑F： 5’ ‑GGCGGATGCCTCCTTTG‑3’； RPPH1‑R： 5’ ‑TACCTCACCTCAGCCATTGA‑3’； RPPH1‑PROBE： 5’ ‑HEX‑ACTTCGCTGGCCGTGAGTCTGT TC‑BHQ2‑3’。 2.一种基于数字PCR方法的IKZF1基因外显子2 ‑3多倍体检测试剂盒， 其特征在于， 包括 PCR预混液和权利要求1所述的IKZF1基因外 显子2‑3和RPPH1基因的检测引物和探针组。 3.一种非疾病的诊断和治疗目的的基于数字PCR方法的IKZF1基因外显子2 ‑3多倍体检 测方法， 其特征在于， 提取样本DNA， 用权利要求1所述的IKZF1基因外显子2 ‑3和RPPH1基因 的检测引物和探针组分别进行PCR扩增， 对IKZ F1外显子2 ‑3和管家基因RPPH1进行拷贝数定 量， 通过计算IKZF1基因外显子2 ‑3和RPPH1拷贝数比例， 判断是否存在IKZF1外显子2 ‑3多倍 体。 4.根据权利 要求3所述的非疾病的诊断和治疗目的的基于数字PCR方法的IKZF1基因外 显子2‑3多倍体检测方法， 其特征在于， 所述的PCR扩增程序是95℃， 10min； 60℃， 45sec升温 速率： 1.5℃/S。 5.根据权利 要求3所述的非疾病的诊断和治疗目的的基于数字PCR方法的IKZF1基因外 显子2‑3多倍体检测方法， 其特征在于， 所述的PCR反应试剂 包括2×PCRMIX， 12.5 μL； IKZF1 ‑ F， 0.5 μM； IKZF1 ‑R， 0.5 μM； IKZF1 ‑Probe， 0.25 μM； RPPH1 ‑F， 0.5 μM， RPPH1 ‑R， 0.5 μM， RPPH1 ‑ Probe， 0.25 μM， 模板1.0 μL。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115161393 A 2一种IKZF1基因外显子2 ‑3多倍体检测试剂盒 技术领域： [0001]本发明属于数字PCR领域， 具体涉及一种数字PCR法检测IKZF1基因外显子2 ‑3多倍 体试剂盒。 背景技术： [0002]IKZF1基因编码一种具有锌指结构的转录因子蛋白， 编码具有调控淋巴细胞生产 功能的转录因子IKAROS， 在正常骨髓、 淋巴细胞、 红细胞、 巨核细胞等分化的不同阶段发挥 重要作用， 是造血系统的重要调节基因之一， 在淋巴细胞 的分化和发育过程中起着重要的 调控作用。 IKZF1基因突变是成人B细胞急性淋巴细胞白血病的预后不良因素， 约30％的急 性淋巴性白血病患者中可检测到IKZF1基因突变， 多表现为部分外显子缺失， 导致IKZF1蛋 白功能异常， 也有少数患者两条IKZF1基因完全缺失， 导致IKZF1基因的表达阴性。 由于 IKZF1 基因外显子的可变剪切， 目前 临床常见的IKZF1突变具有13种转录本， 表现为N端DNA 结合区锌指结构不同程度的缺 失， 从而影响DNA的结合能力和转录活性。 临床上可使用基因 芯片、 琼脂糖凝胶电泳等方法对IKZ F1基因缺 失型突变进 行检测， 作为治疗和预后评估的参 考依据。 近年来， 临床中又发现除传统的IKZ F1基因缺失外， 部分患者还伴随有IKZ F1基因染 色体上基因外显子2和外显子3出现多个拷贝， 同样提示患者预后不良， 但目前常规的染色 体核型分析和基因芯片方法均无法对此突变 类型进行检测。 [0003]目前检测IKZF1基因突变的方法主要包括染色体核型分析、 基因芯片杂交、 PC R‑琼 脂糖凝胶电泳等， 其中染色体核型分析分辨率较低， 对小片段 的重复序列和多倍体无法检 出， 基因芯片杂交需要对突变区域设计特异 性探针， 成本较高， PCR ‑琼脂糖凝胶电泳容易受 到基因缺失和拷贝数变化影响， 无法准确判断罕见的基因变化类型和多倍体数量。 发明内容： [0004]本发明的目的在于提供一种特异性好、 灵敏度高、 成本较低的基于数字PCR方法的 IKZF1 基因外显子2‑3多倍体检测试剂盒。 [0005]本发明的第一个目的是提供IKZF1基因外显子2 ‑3和RPPH1基因的检测引物和探针 组， 具体如下： [0006]IKZF1‑F： 5’ ‑GTAAGCGATACTC CAGATGAG G‑3’； [0007]IKZF1‑R： 5’ ‑CACGACTCTGTCACTCT TGG‑3’； [0008]IKZF1‑Probe： 5’ ‑FAM‑CGATGAGC CCATGCCGATCCC‑BHQ1‑3’； [0009]RPPH1‑F： 5’ ‑GGCGGATGCCTCCTTTG‑3’； [0010]RPPH1‑R： 5’ ‑TACCTCACCTCAGCCATTGA‑3’； [0011]RPPH1‑Probe： 5’ ‑HEX‑ACTTCGCTGGCCGTGAGTCTGT TC‑BHQ2‑3’。 [0012]本发明的第二个目的是提供基于数字PC R方法的IKZF1基因外显子2 ‑3多倍体检测 试剂盒， 包括PCR预混液和上述特异性扩增IKZ F1基因外显子2 ‑3和RPPH1基因的检测引物和 探针组。说　明　书 1/5 页 3 CN 115161393 A 3