(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210337633.6 (22)申请日 2022.04.01 (71)申请人 海南大学 地址 570228 海南省海口市美兰区人民大 道58号 (72)发明人 廖丽　郝江珊　胡旭　唐敏强　 王志勇　 (74)专利代理 机构 武汉智嘉联合知识产权代理 事务所(普通 合伙) 42231 专利代理师 姜婷 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) A01H 1/04(2006.01) (54)发明名称 与海雀稗 耐黑痣病性状相关的SNP分子标记 及其应用 (57)摘要 本发明属于分子生物 技术领域， 公开了一种 与海雀稗耐黑痣病性状相关的SNP分子标记及其 应用， 所述SNP分子标记的核苷酸序列如序列表 SEQ ID NO.1所示， 其中， SEQ  ID NO.1所示序列 的第401bp处存在G/T突变。 本发明通过172份海 雀稗种质的重测序数据， 结合12 个月海雀稗田间 黑痣病发病情况作为质量性状进行全基因组关 联分析， 定位筛选出与耐黑痣病相关的分子标 记， 该分子标记对海雀稗 耐黑痣病的调控起着关 键作用， 可用作图位克隆和分子标记辅助选择， 快速预测或鉴定其黑痣病的抗性， 可有效筛选得 到强耐黑痣病的海雀稗品种， 加速海雀稗育种进 程。 权利要求书1页 说明书9页 序列表1页 附图1页 CN 114540537 A 2022.05.27 CN 114540537 A 1.一种与海雀稗耐黑痣病性状相关的SNP分子标记， 其特征在于， 所述SNP分子标记的 核苷酸序列如SEQ  ID NO.1所示， 其中， SEQ  ID NO.1所示序列自5 ’端起第401位碱基为SNP 位点， 所述SNP位点位于海雀稗基因组第010号染色体第24998738位核苷酸， 所述SNP位点为 G或T。 2.可识别权利要求1所述SNP分子标记的分子 探针。 3.一种用于扩增权利要求1所述SNP分子标记的引物。 4.根据权利要求3所述的引物， 其特征在于， 所述引物序列如SEQ  ID NO.2和SEQ  ID  NO.3所示。 5.一种鉴定海雀稗 黑痣病抗性的方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： S1.提取待测海雀稗材 料的基因 组DNA； S2.以S1提取得到的基因组DNA为模板， 采用权利要求1所述SNP 分子标记的特异性引物 进行PCR扩增后测序； 或者直接以基因组DNA进 行重测序， 以确定待测海雀 稗材料的SNP位点 的碱基类型为GG、 GT或TT。 6.根据权利要求5所述鉴定海雀稗黑痣病抗性的方法， 其特征在于， 所述待测海雀稗材 料耐黑痣病能力大小与其SNP位 点碱基类型的关系为G G ﹥GT ﹥TT。 7.根据权利要求5所述鉴定海雀稗黑痣病抗性的方法， 其特征在于， 步骤S2所述扩增的 反应体系为： 共10 μL， 50ng/ μL模板DNA  1 μL， 2×PCR Master Mix 5 μL， 10 μmol/L正 反向引物 各0.5 μL， d dH2O余量。 8.一种用于海雀稗黑痣病抗性检测的试剂 盒， 其特征在于， 所述试剂 盒包括权利要求3 或4所述引物。 9.权利要求1所述SNP分子标记在海雀稗 抗黑痣病分子标记辅助育种中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114540537 A 2与海雀稗耐黑 痣病性状相关的SNP分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明属于分子生物技术领域， 具体涉及一种与海雀稗耐黑痣病性状相关的SNP 分子标记及其应用。 背景技术 [0002]海雀稗(Paspalum  vaginatum  Sw.)又称海滨雀稗或夏威夷草， 是被子植物门单子 叶植物纲禾本科黍族雀稗属的多年生草本植物， 主要分布于热带和亚热带 的海滨地区， 有 长势发达的匍匐茎和根茎， 叶片线形或狭披针形， 其形成的草坪均一致密、 色泽墨绿， 是绿 地草坪和运动场草坪的优良草种。 2017年底， 在以1m ×1m地块活体种 植并保存于海南大学 儋州校区海雀稗种质资源圃 的海雀稗发生了黑痣病大爆发， 在叶片的上面和叶背 出现小的 圆形、 卵形、 或长形黑斑， 其外有黄 色晕圈。 叶片 衰老时， 黑斑周围仍保持绿色， 黑斑稍隆起， 有光泽， 大小约1.5～11mm ×0.3～1.0mm， 资源圃海雀稗样本中有将近80％发病， 经鉴定该 病害致病 病原菌是黑 痣菌属的一个小种。 [0003]黑痣病广泛分布于各地， 可寄生在大多数草坪草种上， 病株叶片上下表面出现小 的、 黑色、 环形至卵圆形的痣状病斑。 病斑周围有褪绿的晕圈， 但随着病斑的增大， 这些晕圈 通常会消失。 发病严重的草坪呈现黄 绿斑驳或亮黄 色景象。 当叶片 衰老时， 病斑周围组织往 往仍会保持绿色， 其保绿时间比健康组织还要长， 呈绿岛状。 黑痣病病原菌是以假子座中的 子囊壳越冬， 春季形成子囊孢子释放， 侵染新生叶片。 筛选高抗黑痣病的海雀稗品种， 可以 减少草坪用药， 提高草 坪美观有重要的意 义。 [0004]全基因组关联分析(Genome  wide association  study， GWAS)是以连锁不平衡 (LD)为基础， 对多个个体在 全基因组范围的遗传变异(标记)多态 性进行检测， 获得基因型， 进而将表型数据与基因型数据进行群体水平的统计分析。 以SNP(single  nucleotide   ploymorphism)单核苷 酸多态性为分子遗传标记， 进 行全基因组水平上的相关性分析， 成为 研究复杂农艺性状遗传变异的一种新策略。 与传统的连锁分析(linkage  analysis)相比， GWAS具有分辨 率高、 变异位 点丰富、 时间快的特点。 发明内容 [0005]有鉴于此， 本发明目的在于提供一种与 海雀稗耐黑痣病性状相关的SNP分子标记， 用于图位克隆和分子标记辅助选择， 实现强耐黑痣病性状的海雀稗品种的有效筛选， 加速 海雀稗育种进程。 [0006]为了实现上述目的， 本发明的技 术方案具体如下： [0007]本发明第一方面提供了一种与 海雀稗耐黑痣病性状相关的S NP分子标记， 所述SNP 分子标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1所示， 其中， SEQ  ID NO.1所示序列自5 ’端起第401位 碱基为SNP位点， 所述SNP位点存在G/T突变， 所述SNP位点位于海雀稗基因组第010号染色体 第24998738位核苷酸， 故将该分子标记命名为Pv.c hr10:p249 98738。 [0008]所述SNP分子标记具体通过以下步骤获得：说　明　书 1/9 页 3 CN 114540537 A 3