(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210318938.2 (22)申请日 2022.03.29 (71)申请人 华中农业大 学 地址 430000 湖北省武汉市洪山区狮子山 街1号 (72)发明人 梅洁　郭稳杰　熊阳　皇培培　 王宇宏　 (74)专利代理 机构 北京金智普华知识产权代理 有限公司 1 1401 专利代理师 张晓博 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与黄颡鱼个体生长性状相关的SNP标记及应 用 (57)摘要 本申请公开了与黄颡鱼个体生长性状相关 的SNP标记及其应用。 该SNP标记位于15号染色体 的第1919 5072个碱基处， 突变类型为C/G， 命名为 Chr15:19195072C>G， 其优选基因型是GG。 对该候 选SNP标记进行引物设计， 并在185个雄性个体中 进行验证， 证实了该SNP标记也适用于雄性黄颡 鱼个体。 在另一个黄颡鱼养殖群体中SNPChr15: 19195072C>G在生长性状上也存在显著性差异， 表明该SNP在黄颡鱼生长性状分子标记辅助育种 中具有应用前 景。 权利要求书1页 说明书5页 序列表1页 附图6页 CN 114875157 A 2022.08.09 CN 114875157 A 1.与黄颡鱼个体生长性状相关的SNP标记， 所述生长性状包括体长和体重， 其中， 所述 SNP标记位于15号染色体的第1919 5072个碱基处， 突变类型为C/G， 命名为Chr15:1919 5072C >G， 其优选基因型 是GG。 2.用于扩增或检测权利 要求1所述的SNP标记的引物对， 其中所述引物对包括如SEQ  ID  NO.3～4所示的核苷酸序列。 3.用于扩增或检测黄颡鱼个体生长性状的试剂盒， 其中所述试剂盒包括如权利要求2 所述的引物对以及与PCR扩增相关的试剂。 4.一种扩增或检测黄颡鱼SNP  Chr15:19195 072C>G的方法， 其中包括： 提取黄颡鱼个 体的基因 组DNA； 以所述基 因组DNA为模板进行PCR扩增， 所述PCR扩增体系为： 2 ×Es Taq Master Mix 5 μL、 10 μM上游引物0.5 μL、 10 μM下游引物0.5 μL、 模板1 μL、 补充双蒸水10 μL； 对所述PCR扩增产物进行Sanger测序， 以判断所述黄颡鱼个体Chr15:19195072C>G的基 因型。 5.权利要求1或2所述的SNP标记的筛 选方法， 其中包括以下步骤： 构建黄颡鱼混合家系， 采集所述黄颡鱼混合家系的生长性状数据， 所述生长性状数据 包括体长数据和体重数据； 采用黄颡鱼性别特异性标记对所述黄颡鱼混合家系 进行性别鉴定， 以获得黄颡鱼雌鱼 样本； 提取黄颡鱼雌鱼样本基因组DNA， 构建基因组重测序文库， 对所述基因组重测序文库进 行PE150双末端测序； 对测序数据集采用FastQC和trim_galore进行质控和过滤后， 采用B owtie2将过滤后的 reads比对到 黄颡鱼参 考基因组上， 使用GATK4软件检测SNPs并进行 过滤； 使用TASSEL软件的混合线性模型对生长性状数据与所述过滤后的SNP s进行关联分析， 以获得与黄颡鱼生长性状相关的SNP标记。 6.根据权利要求5所述的SNP标记的筛 选方法， 其中所述黄颡鱼性别特异性标记为XY1。 7.根据权利要求5所述的SNP标记的筛选方法， 其中用于扩增所述黄颡鱼性别特异性标 记的引物序列如SEQ  ID NO.1～2所示。 8.根据权利要求5所述的SNP标记的筛 选方法， 其中还 包括： 从所述黄颡鱼 混合家系随机挑取黄颡鱼雄 性样本， 并提取其基因 组DNA； 使用如SEQ  ID NO.3～4所示的引物进行PCR扩增； 对扩增产物进行测序， 以鉴定其中的C hr15:19195 072C>G的基因型。 9.权利要求1所述的SNP标记在预测黄颡鱼生长性状或黄颡鱼育种中应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114875157 A 2与黄颡鱼 个体生长性状相关的SNP标记及应用 技术领域 [0001]本申请涉及黄颡鱼生长性状相关分子标记技术领域， 尤其涉及与黄颡鱼个体生长 性状相关的SNP标记及应用。 背景技术 [0002]人工选择育种常用于选择具有 目标性状的亲本， 以产生具有该目标性状的后代， 利用标记辅助选择(MAS)可极大地提高目标性状选择的效率和准确性。 近年来， 随着高通量 测序技术的进步， 测序成本不断下降， 全基因组关联分析(GWAS)得到了快速的发展， 成为解 析动物复杂性状的重要工具。 目前， GWAS已在植物和畜禽分子数量遗传学研究中得到广泛 的应用， 其中部分研究成果已应用到 MAS育种实 践中。 [0003]性别是生物个体雌雄的差别， 是一种特殊的性状。 研究表明性别会对生物性状的 研究结果产生显著影响， 因此在相关研究中需要将动物的性别因素考虑在内， 然而大多数 研究尤其是鱼类研究并没有考虑其对研究结果的影响。 黄颡鱼(Pelteobagrus   fulvidraco)是我国重要的水产养殖鱼类， 具有明显的雌雄生长二态 性， 雄性的生长速度约 为雌鱼的2.5～3倍。 因此， 在解析黄颡鱼重要经济性状特别是生长性状的过程中需考虑性 别因素对研究的影 响。 近年来， 黄颡鱼全基因组序列成功破译(Gong  et al.， 2018)， 也为黄 颡鱼重要经济性状的遗传解析奠定 了坚实基础。 发明内容 [0004]有鉴于此， 本申请的目的在于至少提供一种与两性生长异形鱼类—黄颡鱼生长性 状相关的SNP标记， 以将其应用于 黄颡鱼的人工 育种中。 [0005]第一方面， 本申请实施例公开了与黄颡鱼个体生长性状相关的SNP标记， 所述生长 性状包括体长和体重， 其中， 所述SNP标记位于15号染色体的第19195072个碱基处， 突变类 型为C/G， 命名为C hr15:19195 072C>G， 其优选基因型 是GG。 [0006]第二方面， 本申请实施例公开了用于扩增或检测第一方面所述的SNP标记的引物 对， 其中所述引物对 包括如SEQ  ID NO.3～4所示的核苷酸序列。 [0007]第三方面， 本申请实施例公开了用于扩增或检测黄颡鱼个体生长性状 的试剂盒， 其中所述试剂盒包括第二方面所述的引物对以及与PCR扩增相关的试剂。 [0008]第四方面， 本申请实施例公开了一种扩增或检测 黄颡鱼SNP  Chr15:19195072C>G 的方法， 其中包括： [0009]提取黄颡鱼个 体的基因 组DNA； [0010]以所述基因组DNA为模板进行PCR扩增， 所述PCR扩增体系为： 2 ×Es Taq Master  Mix 5 μL、 10 μM上游引物0.5 μL、 10 μM下游引物0.5 μL、 模板1 μL、 补充双蒸水10 μL； [0011]对所述PCR扩增产 物进行Sanger测序， 以判断所述黄颡鱼个体Chr15:19195072C>G 的基因型。 [0012]第五方面， 本申请实施例公开了第一方面所述的S NP标记的筛选方法， 包括以下步说　明　书 1/5 页 3 CN 114875157 A 3