(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210330050.0 (22)申请日 2022.03.28 (71)申请人 岭南现代农业科 学与技术广东省实 验室 地址 510640 广东省广州市天河区五山路 483号教学一区自编15号楼101房 申请人 华中农业大 学 (72)发明人 赵书红　董文君　周游　张赛仙　 宋徽　楚金雨　李新云　马云龙　 (74)专利代理 机构 武汉宇晨专利事务所(普通 合伙) 42001 专利代理师 江丽丽 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记 及其应用 (57)摘要 本发明属于猪 分子标记 技术领域， 具体公开 了与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记及 其应用。 利用基因芯片技术进行基因分型， 基于 SNP分子标记进行全基因组关联分析， 该分析筛 选出4个与大白猪母猪产畸形仔猪性状相关的 SNP分子标记位点。 所述SNP分子标记位点 分别位 于母猪3号染色体的 NCOA1基因片段和9号染色体 的PRCP和DDIAS基因片段， 可用于母猪产畸形仔 猪性状的标记辅助选 育。 权利要求书1页 说明书5页 序列表3页 附图1页 CN 115478110 A 2022.12.16 CN 115478110 A 1.SNP标记在母猪产畸形仔猪性状选择中的应用， 其特征在于， 包括如下SNP标记中的 至少一种： 含有SNP1标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1和2所示， SNP1标记位于所述序列的第101 位， 多态性 位点为A或C； 含有SNP2标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.3和4所示， SNP2标记位于所述序列的第101 位， 多态性 位点为G或A； 含有SNP3标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.5和6所示， SNP3标记位于所述序列的第101 位， 多态性 位点为T或A； 含有SNP4标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.7和8所示， SNP4标记位于所述序列的第101 位， 多态性 位点为A或G。 2.根据权利要求1所述的应用， 其特 征在于： SNP1标记的基因型为AC时， 母猪拥有高的产畸形仔 猪率； SNP2标记的基因型为GA时， 母猪拥有高的产畸形仔 猪率； SNP3标记的基因型为TA时， 母猪拥有高的产畸形仔 猪率； SNP4标记的基因型为AG时， 母猪拥有高的产畸形仔 猪率。 3.根据权利要求1所述的应用， 其特 征在于， 所述猪的品种为大白猪。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115478110 A 2与母猪产畸形仔猪性状相关的SNP分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明属于猪分子标记技术领域， 具体涉及与 母猪产畸形仔猪性状相关的  SNP分 子标记及应用。 背景技术 [0002]我国是世界上生猪养殖规模最大的国家， 且国民对猪肉产品的消费量居世界第 一， 而猪的育种工作作为生猪养殖的源头性工作， 育种工作取得有效进展即可对我国生猪 总产量及其相关行业带来的巨大的经济效益(刘文涛和顾 立伟， 2016)。 至2021年末， 据统计 我国能繁母猪存栏量达4329万头， 年产胎次约为2.3胎， 平均窝产仔数约为13头， 仔猪畸形 发生率为2.9 ％， 我国每年将损失约3753.7万头仔猪(王明华， 2022)。 近年来随着育种 工作 的开展， 我国地方猪的一些性状得到有效改良。 采用常规的育种手段， 对背膘厚、 瘦肉率等 具有中高等遗传力的生产性状的改良取得了较为显著的进展， 而对于窝产活仔数、 死胎数、 畸形仔猪数等具有较低遗传力的繁殖性状的改良面临较大困难(Zhang  et al， 2019)。 [0003]随着分子生物学及多组学测 序技术的发展， 分子标记辅助 选择育种逐渐成为育种 工作的主流手段。 许多研究证明， 分子标记辅助选择在低遗传力性状选择方面具有显著优 势， 极大提高了育种效率(Ding  et al， 2021)。 国内外学者已经对与仔猪畸形性状和产畸形 仔猪数相关的分子标记进行了大量研究， 并挖掘了潜在的功能基因。 Hao等人对杜洛克、 长 白猪、 大白猪三个群体进行研究， 通过GWAS  筛选出7个与仔猪 八字腿综合征(Piglet  splay  leg syndrome， PSL)显著相关的  SNP， 定位到4个候选基因(Hao  et al， 2017)。 Тр а с п о в等 人通过GWAS在大白猪群体中鉴定到2 4个与仔猪肛门闭锁、 肢蹄问题和仔猪震颤等畸形性状 显著相关的SNP， 涉及到11个功能基因(Тр а с п о вet  al， 2020)。 此外， 杨杰等人鉴定到与母 猪产畸形仔猪数显著相关的SNP， 为猪分子标记辅助选择育种工作做出一定贡献(杨杰等， 2021)。 纵观国内外研究， 对于鉴定与母猪产畸形仔 猪相关分子标记的研究较少。 [0004]本发明通过GMAT软件进行全基因组关联分析， 筛选到4个与母猪产畸形仔猪性状 显著关联的SNP位点， 为猪分子标记辅助选择育种工作提供了理论基础及应用途径(Wang   et al， 2020)。 发明内容 [0005]本发明的目的在于克服现有技术的缺陷， 利用基因芯片技术进行基因分型， 与母 猪产畸形仔猪性状进行全基因组关联分析， 筛选出4个与母猪产畸形仔猪性状显著相关的 SNP， 为母猪繁殖性状提供了新的SNP分子标记资源。 [0006]为了实现上述目的， 本发明采用以下技 术方案： [0007]申请人通过全基因组关联分析筛选得到与母猪产畸形仔猪性状显著相关的  SNP 分子标记， 并依据Ensmb le数据库猪11.1版本参考基因组得到每个SNP上下游100bp的核苷 酸序列， 具体如下： [0008]含有SNP1标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1和2所示， SNP1标记位于所述序列的第说　明　书 1/5 页 3 CN 115478110 A 3