(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210307760.1 (22)申请日 2022.03.25 (71)申请人 杭州瑞普基因科技有限公司 地址 311100 浙江省杭州市余杭区五常街 道联创街18 8号贝达梦工场D座7-10层 (72)发明人 王涛　肖姗姗　陈美虹　李桃萍　 (74)专利代理 机构 北京清亦华知识产权代理事 务所(普通 合伙) 11201 专利代理师 徐章伟 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12Q 1/6869(2018.01) C12N 15/11(2006.01) G16B 20/50(2019.01) (54)发明名称 探针组在检测BIM 基因缺失多态性中的应用 (57)摘要 本发明提出了探针组在检测BIM基因缺 失多 态性中的应用， 所述探针组包括： 第一探针， 所述 第一探针 具有如SEQ  ID NO： 1所示的核苷酸序列 或与其具有至少80％同源性的核苷酸序列； 第二 探针， 所述第二探针具有如SEQ  ID NO： 2所示的 核苷酸序列或与其具有至少80％同源性的核苷 酸序列。 利用本发明的探针组对BIM基因缺失多 态性检测的准确性强， 灵敏度高， 分析速度快， 探 针覆盖范围小， 成本低， 检测流程搭建容易实现， 流程化的操作无需额外人工参与， 应用前 景好。 权利要求书1页 说明书6页 序列表1页 附图2页 CN 114606318 A 2022.06.10 CN 114606318 A 1.一种探针组， 其特 征在于， 所述探针组包括： 第一探针， 所述第一探针具有如SEQ  ID NO： 1所示的核苷酸序列或与其具有至少80％ 同源性的核苷酸序列； 第二探针， 所述第二探针具有如SEQ  ID NO： 2所示的核苷酸序列或与其具有至少80％ 同源性的核苷酸序列。 2.一种试剂盒， 其特 征在于， 包括： 权利要求1所述的探针组。 3.一种芯片， 其特 征在于， 所述芯片上设置有权利要求1所述的探针组。 4.一种检测BIM基因缺失多态性的方法， 其特 征在于， 包括： 获取测序文库； 将所述测序文库与权利要求1所述探针组、 权利要求2所述试剂 盒中的探针组或者权利 要求3所述芯片上设置的探针组进行杂交捕获， 得到捕获序列； 将所述捕获序列进行测序， 得到测序数据； 对所述测序数据进行分析， 以确定BIM基因缺失多态性。 5.根据权利要求 4所述的方法， 其特 征在于， 所述分析包括： 基于测序数据， 分别获得断点前nbp区域read的平均深度和断点后nbp区域read的平均 深度， 按照下列公式计算断点深度变化 率， 断点深度变化率＝(断点前nbp区域read的平均深度 ‑断点后nbp区域read的平均深 度)/断点前nbp区域read的平均深度； 基于所述断点深度变化 率， 判断BIM基因缺失多态性； 其中， 当所述断点深度变化 率不小于0.9是存在 BIM基因缺失且为纯化型的指示； 当所述断点深度变化 率不小于0.1且小于 0.9是存在 BIM基因缺失且为杂合型的指示； 当所述断点深度变化 率小于0.1是不存在 BIM基因缺失的指示； 所述断点 为chr2： 111125617， Hg38； n选自5～10的整数。 6.权利要求1所述探针组、 权利要求2所述试剂盒或权利要求3所述芯片在检测BIM基因 缺失多态性中的应用。 7.权利要求1所述探针组在制备试剂 盒或芯片中的应用， 其特征在于， 所述试剂 盒或芯 片用于检测BIM基因缺失多态性。 8.根据权利要求7所述的应用， 其特征在于， 所述试剂 盒或芯片用于预测受试者是否具 有耐药性或者预测受试者在没有病情恶化时的存活时间。 9.根据权利要求8所述应用， 其特征在于， 所述受试者选自患有慢性骨髓白血病或者表 皮生长因子突变的肺癌 患者。 10.根据权利要求8所述的应用， 其特 征在于， 所述耐药性 为酪氨酸激酶抑制剂耐药性。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114606318 A 2探针组在检测BIM基因缺失多态性中的应用 技术领域 [0001]本发明涉及生物医药领域。 具体地， 本发明涉及探针组在 检测BIM基因缺失多态性 中的应用。 背景技术 [0002]BIM基因是编码细胞凋 亡基因BCL2蛋白家族中一员。 BIM基因缺失是指BIM基因外 显子3和外显子4之间存在的2903b p的缺失， 这种缺失会使 得其转录的mRNA优 先形成含有外 显子3的剪切 体， 而不是正常 的含有外显子4的剪切体， 最终表达出的BIM蛋白亚型缺少BH3 结构域， 而导致BH3结构域依赖性细胞凋亡受阻， 表现为患有慢性骨髓白血病(CML)和表皮 生长因子突变的肺癌患者(EGFR  NSCLC)具有酪氨酸激酶抑制剂(TKI)耐药性， 无法从这类 药物中受益。 有研究表明， 在癌症病人体内， 这种删除与药物反应的持续时间相关联， 并且 能够被用来预测病人在没有疾病恶化时的存活时间， 如携带这种删除突变的患者的平均无 疾病恶化存活期限大约为6个半月时间， 而没有这种突变的患者则为 12个月左右。 对2597个 健康人体进行筛查， 发现这种缺失多态性在将近八分之一的东亚个人体内发生， 但是在非 洲人和欧洲人体内并没有发现， 说明BIM缺失多态 性具有人种差异。 因此， 业内认 为BIM缺失 的检测对于我国肺癌 患者的诊疗， 具有相当重要的现实意 义。 [0003]目前， 小规模的临床实践和科研中， BIM基因突变检测的方法主要包括： 电泳、 Sanger测序、 变性高效液相色谱(DHPLC)、 荧光定量PCR法、 基因芯片、 液相芯片以及基于PCR 的检测试剂盒。 [0004]Sanger测序法由于可以读到DNA每个碱基的变化， 目前被认为是检测的金标准方 法， 但因为该方法存在灵敏度低的缺陷， 检测异质性较高的临床肿瘤组织样本时假阴性率 高， 同时， 还存在测序步骤繁琐、 耗时长， 对设备和操作人员要求较高等缺陷， 因此， 不易形 成标准化操作的临床诊断产品。 另外， D HPLC、 基因芯片、 液相芯片、 PCR扩增等方法也存在操 作复杂， 对设备要求高等 缺陷， 因此， 目前主 要应用场景也局限于科研单位和实验室。 [0005]在大规模临床肿瘤基因检测时， 基于二代测序的SV检测软件缺乏针对性， 使用同 一类算法检测 不同类型 的变异， 兼容的同时也损失了一定的灵敏度。 就 目前的检测结果来 看， 这些软件对BIM基因缺失的检出效果并不理想， 存在漏检的情况。 [0006]综上所述， 为了临床最终实现治疗肺癌的目标， 本领域迫切需要寻求简单易行、 快 速高效的检测BIM基因缺失多态性的方法以及检测试剂盒。 发明内容 [0007]本发明旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题， 为此， 本发明提 出了探针组、 试剂盒、 芯片、 检测BIM基因缺 失多态性的方法及应用， 利用本发 明的探针组对 BIM基因缺失多态性检测的准确性强， 灵敏度高， 分析速度快， 探针覆盖范围小， 成本低， 检 测流程搭建容 易实现， 流 程化的操作无需额外人工参与， 应用前 景好。 [0008]在本发明的一个方面， 本发明提出了一种探针 组。 根据本 发明的实施例， 所述探针说　明　书 1/6 页 3 CN 114606318 A 3