(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210316469.0 (22)申请日 2022.03.25 (71)申请人 华中农业大 学 地址 430070 湖北省武汉市洪山区狮子山 街1号 (72)发明人 马云龙　董文君　李望娇　 叶尔江·买买提吐尔干 　张凯丽　 李新云　赵书红　 (74)专利代理 机构 武汉宇晨专利事务所(普通 合伙) 42001 专利代理师 江丽丽 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与母猪产死胎性状相关的SNP分子标记及其 应用 (57)摘要 本发明属于猪 分子标记 技术领域， 具体涉及 与母猪产死胎性状相关的SNP分子标记及其应 用。 本发明利用基因芯片技术进行基因分型， 基 于SNP分子标记进行全基因组关联分析， 该分析 筛选出6个与大白猪母猪产死胎性状相关的SNP 分子标记位点。 所述SNP分子标记位点分别位于 母猪15号染色体的 SLC4A10 基因片段。 本发明为 母猪产死胎性状提供了新的SNP分子标记资源， 并可在母猪 遗传育种的标记辅助选择中应用。 权利要求书1页 说明书5页 序列表3页 附图1页 CN 114717329 A 2022.07.08 CN 114717329 A 1.SNP标记在母猪产死胎性状选择中的应用， 其特征在于， 包括如下SNP标记中的至少 一种： 含有SNP1标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1和2所示， SNP1标记位于所述序列的第101 位， 多态性 位点为C或T； 含有SNP2标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.3和4所示， SNP2标记位于所述序列的第101 位， 多态性 位点为T或C； 含有SNP3标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.5和6所示， SNP3标记位于所述序列的第101 位， 多态性 位点为G或A； 含有SNP4标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.7和8所示， SNP4标记位于所述序列的第101 位， 多态性 位点为G或A； 含有SNP5标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.9和10所示， SNP5标记位于所述序列的第101 位， 多态性 位点为G或A； 含有SNP6标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.11和12所示， SNP6标记位于所述序列的第 101位， 多态性 位点为A或T。 2.根据权利要求1所述的应用， 其特 征在于： SNP1标记的基因型为T T时， 母猪拥有高的产死胎率； SNP2标记的基因型为C C时， 母猪拥有高的产死胎率； SNP3标记的基因型为A A时， 母猪拥有高的产死胎率； SNP4标记的基因型为A A时， 母猪拥有高的产死胎率； SNP5标记的基因型为A A时， 母猪拥有高的产死胎率； SNP6标记的基因型为T T时， 母猪拥有高的产死胎率。 3.根据权利要求1所述的应用， 所述猪的品种为大白猪。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114717329 A 2与母猪产死胎性状相关的SNP分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明属于猪分子标记技术领域， 具体涉及一种与母猪产死胎性状相关的SNP分 子标记及其应用。 背景技术 [0002]在我国， 猪肉产量和销量位居世界前列， 受疫病影响导致生猪存栏量及可繁母猪 存栏量显著降低， 在这种局势下， 提高母猪繁殖性能显得尤为重要。 繁殖性状是母猪重要 经 济性状之一， 针对影响目标性状的分子标记位点实施分子育种， 能够有效提高育种效率及 母猪的繁殖性能(王源， 2018)。 近年来高通量测序技术、 基因芯片技术发展迅速， 这些相关 技术的发展也作为实施 高效育种方法来提高母猪繁殖性能的前提和基础(Hickey  et al， 2017)， 且评估发现用全基因组测序数据填充SNP分子标记芯片数据能提高基因组选择等相 关分析的准确性(李勇等， 2022)。 目前全基因组关联分析已成为标记辅助育种的重要手段 之一， 通过关联分析从全基因组范围内筛选出控制母猪繁殖性状的重要变异位点， 为揭示 其相关遗传机理提供理论依据， 从而达到辅助育种及改善母猪繁殖性能的目的(赵德胜等， 2018)。 然而， 大多数对母猪繁殖性状的研究致力于增加窝产仔数， 与此同时容易忽略了仔 猪出生时的存活率。 Ding等人基于基因芯片数据对美系杜洛克和加系杜洛克的窝性状进 行 全基因组关联分析， 发现位于7号染色体上存在一个显著关联的多效性SNP， 同时影响美系 杜洛克的产死胎数和初生仔猪存活率(Ding  et al， 2021)。 Verardo等人对大白猪产死胎数 和乳头数进行全基因组关联分析， 分析结果得出有18个SNP与产死胎数显著相关， 并找到7 个影响大白猪产死胎数的候选基因(Verardo  et al， 2016)。 [0003]本发明使用GMAT软件中的uvlmm分析模块进行全基因组关联分析(Wang  et al， 2020)， 筛 选出与母猪产死胎性状显著相关的SNP分子标记位 点。 发明内容 [0004]本发明的目的在于克服现有技术的缺陷， 利用基因芯片技术进行基因分型， 与母 猪产死胎性状进行全基因组关联分析， 筛选出6个与母猪产死胎性状显著相关的SNP， 为母 猪繁殖性状提供了新的SNP分子标记资源。 [0005]为了实现上述目的， 本发明采用以下技 术方案： [0006]申请人通过全基因组关联分析筛选得到与 母猪产死胎性状显著相关的SNP分子标 记， 并依据Ensmble数据库猪11.1版本参考基因组得到每个SNP上下游100bp的核苷酸序列， 具体如下： [0007]含有SNP1标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1和2所示， SNP1标记位于所述序列的第 101位， 对应于猪基因组15号染色体第68424849位， 对应的基因为SLC4A10， 多态性位点为C 或T； 该位 点的基因型为T T时， 母猪拥有高的产死胎率； [0008]含有SNP2标记的核苷酸序列如SEQ  ID NO.3和4所示， SNP2标记位于所述序列的第 101位， 对应于猪基因组15号染色体第68442233位， 对应的基因为SLC4A10， 在dbSNP数据库说　明　书 1/5 页 3 CN 114717329 A 3