(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210297797.0 (22)申请日 2022.03.24 (71)申请人 苏州淦江生物技 术有限公司 地址 215153 江苏省苏州市高新区富春江 路188号9号楼6 02室 (72)发明人 杨尧　张鲁军　纳洋　郭翠　 韦淑杯　张伟　戴国华　王庆　 张燕娜　李旭卉　 (74)专利代理 机构 北京纪凯知识产权代理有限 公司 11245 专利代理师 张羽 (51)Int.Cl. C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6883(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) (54)发明名称 一种TBX6相关先天性脊柱侧凸基因检测试 剂盒及检测方法 (57)摘要 本发明公开了一种TBX6相关先天性脊柱侧 凸基因检测试剂盒及检测方法。 该试剂盒包括前 处理试剂、 扩增反应试剂和核酸组合物； 所述样 本预处理试剂包括NaCl、 Tris ‑HCl、 EDTA、 SDS和 NaOH； 所述扩增 反应试剂包括热启动Taq酶、 UNG 酶、 dNTP、 dUTP和PCR缓冲液； 所述核酸组合物包 括引物624F、 624R、 627F、 627R、 292F、 292R、 16p11.2F和16p11.2R， 探针624P、 624Q、 627P、 627Q、 292P、 292Q、 16p11.2P和16p11.2Q。 该试剂 盒通过直接对患者遗传物质中基因变异情况的 检测， 在患者出现临床症状之前， 即可辅助医生 对TACS进行早期 诊断， 使得患者可以及早得到治 疗， 最大程度的降低疾病对于患者的影响。 权利要求书2页 说明书18页 序列表3页 附图9页 CN 114561383 A 2022.05.31 CN 114561383 A 1.用于TBX6相关先天性脊柱侧凸基因检测的核酸组合物， 其特征在于： 包括引物624F、 624R、 627F、 627R、 292F、 292R、 16p11.2F和16p11.2R， 探针624P、 624Q、 627P、 627Q、 292P、 292Q、 16p11.2P和16p1 1.2Q； 所述624F为序列如SEQ  ID No.1所示的单链DNA， 所述624R为序列如SEQ  ID No.2所示的单链DNA， 所述627F为序列如SEQ  ID No.3所示的单链DNA， 所述627R为序列如SEQ  ID No.4所示的单链DNA， 所述292F为序列如SEQ  ID No.5所示的单链DNA， 所述292R为序列如SEQ  ID No.6所示的单链DNA， 所述16p1 1.2F为序列如SEQ  ID No.7所示的单链DNA， 所述16p1 1.2R为序列如SEQ  ID No.8所示的单链DNA， 所述624P为序列如SEQ  ID No.9所示的单链DNA， 所述624Q为序列如SEQ  ID No.10所示的单链DNA， 所述627P为序列如SEQ  ID No.11所示的单链DNA， 所述627Q 为序列如SEQ  ID No.12所示的单链DNA， 所述292P为序列如SEQ  ID No.13所示的单链DNA， 所述292Q为序列如SEQ  ID No.14所示的单链DNA， 所述16p1 1.2P为序列如SEQ  ID No.15所示的单链DNA， 所述16p1 1.2Q为序列如SEQ  ID No.16所示的单链DNA， 所述探针624P、 627P、 292P、 16p11.2P一端均标记荧光基团， 所述探针624Q、 627Q、 292Q、 16p11.2Q一端均标记淬灭基团， 当所述探针具有自由3 ’ ‑OH时， 使用阻断基团修饰。 2.TBX6相关先天性脊柱侧凸基因检测试剂 盒， 其特征在于： 包括权利要求1所述的核酸 组合物。 3.根据权利要求2所述的TBX6相关先天性脊柱侧凸基因检测试剂盒， 还包括样本预处 理试剂和/或2 ×扩增反应试剂； 所述样本预处 理试剂包括 NaCl、 Tris ‑HCl、 EDTA、 S DS和NaOH； 所述2×扩增反应试剂包括热启动Taq酶、 UNG酶、 dNTP、 dU TP和PCR缓冲液 ‘。 4.根据权利要求3所述的TBX6相关先天性 脊柱侧凸基因检测试剂盒， 其特 征在于： 所述样本预处理试剂包含100～200mM的NaCl、 1～10mM的Tris ‑HCl、 10～50mM的NaOH、 0.1～3mM的EDTA和0.01％～0.0 5％的SDS； 所述2×扩增反应试剂包含1.2 ×～2×PCR缓冲液、 100～300U/mL热启动Taq酶、 5～ 15U/mL UDG酶、 0.4～1.2mM  dNTP、 0.4～1.2mM  dUTP、 4～12mM  MgCl2、 0.5％～2％BSA、 0.5％～2％甘露醇、 0.4～1.2M甜菜碱和10 0～400mM海藻糖。 5.根据权利要求2 ‑4任一所述的TBX6相关先天性脊柱侧凸基因检测试剂盒， 其特征在 于： 所述核酸组合物中， 627F、 624F、 292F浓度 各为0.1～0.4 μM， 627R、 624R、 292R浓度 各为1 ～4μM， 627P、 624P、 292P浓度各为0.5～1μM， 627Q、 624Q、 292Q浓度各为0.5～1.5μM， 16p11.2F浓度为0.05～0.2μM， 16p11.2R浓度为0.5～2μM， 16p11.2P浓度为0.1～1μM， 16p11.2Q浓度为0.1～1.5 μM 。 6.一种用于先天性脊柱侧凸基因检测的引物 组合物， 其特征在于： 包括权利要求1中所权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114561383 A 2述的引物。 7.一种用于先天性脊柱侧凸基因检测的探针组合物， 其特征在于： 包括权利要求1中所 述的探针。 8.一种TBX6基因SNP分型和CNV分析的检测方法， 其特征在于： 包括以待测样本的基因 组DNA为模板， 采用权利要求2 ‑5任一项中所述的扩增反应试剂和核酸组合物进行PCR扩增 和熔解曲线分析实现SNP分型和CNV分析。 9.根据权利要求8所述的检测方法， 其特征在于： 还包括采用权利要求2 ‑5任一项中所 述的样本预处 理试剂处 理待测样本获得 所述待测样本的基因 组DNA。 10.权利要求1所述的核酸组合物、 权利要求2 ‑5任一项所述的TBX6相关先天性脊柱侧 凸基因检测试剂盒、 权利要求5所述的引物组合物或权利要求6所述的引物组合物在如下任 一中的应用， (1)检测TBX6基因SNP分型； (2)检测16p1 1.2拷贝数变异； (3)辅助诊断先天性 脊柱侧凸； (4)诊断先天性 脊柱侧凸； (5)辅助诊断16p1 1.2微缺失/微重复综合征； (6)同时检测rs2 289292、 rs3809624和rs3809627分型以及16p1 1.2拷贝数变异； (7)制备检测TBX6基因SNP分型产品； (8)制备检测16p1 1.2拷贝数变异产品； (9)制备辅助诊断先天性 脊柱侧凸产品； (10)制备诊断先天性 脊柱侧凸产品； (11)制备辅助诊断16p1 1.2微缺失/微重复综合征产品； (12)制备同时检测rs2289292、 rs3809624和rs3809627分型以及16p11.2拷贝数变异产 品。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114561383 A 3