(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210302637.0 (22)申请日 2022.03.24 (71)申请人 四川农业大 学 地址 611130 四川省成 都市温江区惠民路 211号 (72)发明人 刘亚西　侯帅　林宇　王智强　 余世凡　陈浩　晏宁　李彩霞　 周红　 (74)专利代理 机构 北京路浩知识产权代理有限 公司 11002 专利代理师 钱云 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与小麦茎基腐病抗性QTL紧密连锁的分子标 记及应用 (57)摘要 本发明涉及与小麦茎基腐病抗性QTL紧密连 锁的分子标记及应用。 本发明提供的分子标记为 SNP1869， 所述SNP1869与小麦茎基腐病抗性QTL   Qfcr.sicau.1B ‑5紧密连锁， 两者共定位于小麦 1B染色体上。 本发明通过检测分析表明， 分子标 记SNP1869能准确跟踪所述小麦茎基腐病抗性 QTL， 预测小麦的茎基腐病抗性， 进而方便进行分 子设计育种。 本发明还提供分子标记SNP1869在 小麦育种中的应用。 利用本发明提供的方法能够 加强小麦茎基腐病抗性预测的准确性， 以便快速 筛选出具有高抗小麦茎基腐病的QTL的小麦品种 或品系用于育种， 可大大加快小麦高产品种的选 育进程。 权利要求书1页 说明书11页 序列表5页 附图2页 CN 114774570 A 2022.07.22 CN 114774570 A 1.与小麦茎基腐病抗性QTL  Qfcr.sicau.1B ‑5紧密连锁的分子标记SNP1869， 其特征在 于， 所述分子标记SNP1869的核苷酸序列如SEQ  ID No.1所示， 在所述核苷酸序列的第39位 碱基多态性 为A或G。 2.根据权利要求1所述的分子标记SNP1869， 其特征在于， 分子标记SNP1869与小麦茎基 腐病抗性QTL  Qfcr.sicau.1B ‑5共定位于小麦1B染色体上标记SNP1868和SNP1918之间 11.01Mb区段内， 所述分子标记SNP 1869位于小麦茎基腐病抗性QTL  Qfcr.sicau.1B‑5置信 区间内。 3.根据权利要求1或2所述的分子标记SNP1869， 其特征在于， 所述小麦茎基腐病抗性 QTL Qfcr.sicau.1B ‑5能显著增加小麦茎基腐病抗性， LOD值最高7.29， 解释8.29％的表型 变异。 4.根据权利要求3所述的分子标记SNP1869， 其特征在于， 分子标记SNP1869的单碱基差 异位点为G时， 小麦含有QTL  Qfcr.sicau.1B ‑5， 对应小麦茎基腐病抗性强； 分子标记 SNP1869的单碱基差异位点为A时， 小麦不含QTL  Qfcr.sicau.1B ‑5， 对应小麦茎基腐病抗性 弱。 5.用于扩增权利要求1～4任一项所述分子标记的特异性引物组。 6.根据权利要求5所述的特异性引物 组， 其特征在于， 所述特异性引物 组中包括序列如 SEQ ID NO.2‑4所示的引物。 7.根据权利要求6所述的特异性引物组， 其特征在于， SEQ  ID NO.2与SEQ  ID NO.3所示 的引物的5 ’端分别连有不同的荧 光探针。 8.权利要求1～4任一项所述分子标记或权利要求5 ‑7任一所述特异性引物 组的如下任 一种应用： (1)在鉴定小麦 茎基腐病抗 性QTL Qfcr.sicau.1B ‑5中的应用； (2)在筛选或鉴定高抗茎基腐病的小麦品种中的应用； (3)在小麦分子标记辅助育种中的应用； (4)在小麦种质资源改良中的应用。 9.一种鉴定小麦茎基腐病抗性QTL  Qfcr.sicau.1B ‑5的方法， 其特征在于， 以待测小麦 的基因组DNA为模板， 采用权利要求5～7任一所述的特异性引物组进行荧光定量PCR扩增， 根据PCR扩增结果对待测小麦进行基因分型。 10.根据权利要求9所述的方法 ， 其特征在于 ， 含有小麦茎基腐病抗性QTL   Qfcr.sicau.1B ‑5的小麦品种出现与SEQ  ID NO.3所示引物连接的荧光探针相同的荧光信 号， 而不含有小麦茎基腐病抗性QT L Qfcr.sicau.1B ‑5的小麦品种出现与SEQ  ID NO.3所示 引物连接的荧 光探针明显不同的荧 光信号。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114774570 A 2与小麦茎基腐病抗性Q TL紧密连锁的分子标记及应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子标记技术领域， 具体涉及一种与小麦茎基腐病抗性QTL   Qfcr.sicau.1B ‑5紧密连锁的分子标记及应用。 背景技术 [0002]小麦(Triticum  aestivum L.)是世界上最重要的粮食作 物之一， 不仅是淀粉和能 量的主要来源， 而且还是对健康必不可少的多种成分的提供者， 尤其是蛋白质、 维生素和膳 食纤维。 小麦茎基腐病(Fusarium  crown rot,FCR)自发现以来一直是一种严重危害小麦生 产的土传病害。 近年来在 多个小麦主产省份日益蔓延， 危害不断加重， 迫切需要研究者加强 抗源筛选和抗病基因挖掘工作来 提高主栽品种抗病性。 [0003]近年来， 茎基腐病相关QTL位点也陆续被发掘。 Wallwork等在矮化基因Rht1附近的 4B染色体上发现了一个赋予FCR抗病性 的QTL(Wallwork,H.,Butt,M.,Cheong,J.P.E.,et   al.Resistance  to crown rot in wheat identified  through an improved  method for  screening  adult plants[J].Australasian  Plant Pathology,2004,33:1 ‑7.)； Collard 等基于幼苗实验利用 “2‑49”分别在1DL和1AL染色体上检测到两个赋予FCR抗病性的QTL， 分 别解释21％和10％的表型变异(Collard,B.C.Y.,Grams,R.A.,Bovill,W.D.,et   al.Development  of molecular  markers for crown rot resistance  in wheat:mapping   of QTLs for seedling  resistance  in a‘2‑49’ × ‘Janz’population[J].Plant   Breeding,2005,124(6):532 ‑537.)； Bovill等利用 “W21MMT70 ”基于幼苗实验在5D和2D上检 测到2个QTL， 最高解释了28％的表型变异但未在所报道的三种测定中均检测到(Bovill, W.D.,Ma,W.,Ritter,K.,Collard,B.C.Y.,et  al.Identification  of novel QTL for  resistance  to crown rot in the doubled haploid wheat population ‘W21MMT70 ’X ‘Mendos’[J].Plant  Breeding,2010,125(6):538 ‑543.)； Ma等利用 “CSCR6”和感病材料 “Lang”构建的群体通过苗期温室接种鉴定法定位到2个主效QTL位点Qcrs.cpi ‑3B和 Qcsr.cpi ‑4B， 其中Qcrs.cpi ‑3B解释了 高达48.8％的表型变异， 可在不同遗传背景中检测 到， 是迄今为止具有最大效应的FCR抗病位点(Ma ,J .,Li,H.B.,Zhang ,C.Y.,et   al.Identification  and validation  of a major QTL conferring  crown rot  resistance  in hexaploid  wheat[J].Theoretical  and Applied Genetics,2010,120 (6):1119‑1128.)。 [0004]小麦地方品种又称为农家种， 是长期自然选择和人工选择的产物。 由于小麦地方 品种可以很好的适应自然环境和栽培条件， 所以具有的遗传材料资源十 分丰富； 同时， 又 因 为地方品种 具有丰富的农艺性状和遗传多样性， 是丰富小麦遗传变异的潜在基因资源， 所 以小麦地方品种也成为了小麦改良的宝 贵基因库(董玉琛,郑殿升.中 国小麦遗传资源[ M]. 中国农业出版社,2000.)。 因此， 对361份地方小麦进行全基因组关联分析(Genome ‑wide  association  study,GWAS)， 进一步定位小麦茎基腐病抗性位点， 挖掘高抗茎基腐病的基 因， 寻找紧密连锁的分子标记， 促进茎基腐病抗性基因的图位克隆， 同时为小麦高抗茎基腐说　明　书 1/11 页 3 CN 114774570 A 3