(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210303662.0 (22)申请日 2022.03.24 (71)申请人 四川农业大 学 地址 611130 四川省成 都市温江区惠民路 211号 (72)发明人 刘亚西　侯帅　王智强　石浩然　 林宇　陈浩　武方琨　李彩霞　 周红　 (74)专利代理 机构 北京路浩知识产权代理有限 公司 11002 专利代理师 钱云 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6858(2018.01)C12Q 1/6851(2018.01) A01H 1/00(2006.01) A01H 1/04(2006.01) A01H 6/46(2018.01) (54)发明名称 与小麦条锈病抗性QTL QYr.sicau-6B紧密 连锁的分子标记及应用 (57)摘要 本 发 明 涉 及 与 小 麦 条 锈 病 抗 性 Q T L   QYr.sicau ‑6B紧密连锁的分子 标记及应用， 本发 明提供的分子 标记为KASP ‑TXK‑6， 其核苷酸序列 如SEQ ID NO.1所示； 分子标记KASP ‑TXK‑6与小 麦条锈病抗性QTL  QYr.sicau ‑6B紧密连锁 。 本发 明通过检测分析证实了， 该分子标记能准确跟踪 所述小麦条锈病抗性QTL， 预测小麦的条锈病抗 性， 进而方便进行分子设计育种。 对分子标记 KASP‑TXK‑6进行检测能够加强小麦条锈病抗性 预测的准确性， 以便快速筛选出具有高抗小麦条 锈病的QTL的小麦品种或品系用于育种， 可大大 加快小麦高产品种的选 育进程。 权利要求书1页 说明书11页 序列表3页 附图2页 CN 114836556 A 2022.08.02 CN 114836556 A 1.与小麦条锈病抗性QTL  QYr.sicau ‑6B紧密连锁的分子标记KASP ‑TXK‑6， 其特征在 于， 所述分子标记KASP ‑TXK‑6的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1所示， 在所述核苷酸序列的第25 位碱基多态性 为A或G。 2.根据权利要求1所述的分子标记KASP ‑TXK‑6， 其特征在于， 分子标记KASP ‑TXK‑6与小 麦条锈病抗性QTL  QYr.sicau ‑6B共定位于小麦6B染色体上标记KASP ‑TXK‑10～KASP ‑TXK‑6 区段内， 所述分子标记KAS P‑TXK‑6位于小麦条锈病抗 性QTL QYr.sicau ‑6B置信区间上。 3.根据权利要求2所述的分子标记KASP ‑TXK‑6， 其特征在于， 所述小麦条锈病抗性QTL   QYr.sicau ‑6B能显著提高小麦条锈病抗 性， LOD值大于 3， 解释17.0 0％的表型变异。 4.根据权利要求1～3任一项所述的分子标记KASP ‑TXK‑6， 其特征在于， 分子标记KASP ‑ TXK‑6的单碱基差异位点为A， 对应小麦条锈病抗性强； 分子标记KASP ‑TXK‑6的单碱基差异 位点为G， 对应小麦条锈病抗 性弱。 5.用于扩增权利要求1～4任一项所述分子标记KAS P‑TXK‑6的特异性引物组。 6.根据权利要求5所述的特异性引物组， 其特征在于， 所述特异性引物组包括序列如 SEQ ID NO.2‑4所示的引物。 7.根据权利要求6所述的特异性引物组， 其特征在于， SEQ  ID NO.2与SEQ  ID NO.3所示 的引物的5 ’端分别连有不同的荧 光探针。 8.权利要求1～4任一项所述分子标记或权利要求5～7任一所述特异性引物组的如下 任一种应用： (1)在鉴定小麦条锈病抗 性QTL QYr.sicau ‑6B中的应用； (2)在筛选或鉴定高抗条锈病的小麦品种中的应用； (3)在小麦分子标记辅助育种中的应用； (4)在小麦种质资源改良中的应用。 9.一种鉴定小麦条锈病抗性QTL  QYr.sicau ‑6B的方法， 其特征在于， 以待测小麦的基 因组DNA为模板， 采用权利要求5～7任一所述的特异性引物组进行荧光定量PCR扩增， 根据 PCR扩增结果对待测小麦进行基因分型。 10.根据权利要求9所述的方法， 其特征在于， 含有小麦条锈病抗性QTL  QYr.sicau ‑6B 的小麦品种均出现与SEQ  ID NO.2所示引物连接的荧光探针相同的荧光信号， 而不含有小 麦条锈病抗性QT L QYr.sicau ‑6B的小麦品种均出现与SEQ  ID NO.2所示引物连接的荧光探 针明显不同的荧 光信号。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114836556 A 2与小麦条锈病抗性Q TL QYr.sicau‑6B紧密连锁的分子标记及 应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子标记技术领域， 具体涉及一种与小麦条锈病抗性QTL  QYr.sicau ‑ 6B紧密连锁的分子标记KAS P‑TXK‑6及应用。 背景技术 [0002]小麦(Triticum  aestivum  L.)是世界上重要的粮食作 物之一， 超过40％的人口以 小麦作为主食原料。 小麦不管是在农业生产部分还是食品加工领域都占有及其重要的地 位， 是最主要的粮食作物之一。 小麦条锈病是由条锈菌(Puccinia  striiformis   Westend.f.sp.tritici  Eriks)引起的一种毁灭性的病害， 其发生较为普遍且比较严重。 条 锈病是由真菌引起的一种病害， 危害主要分为三个阶段， 分别为侵染、 扩展和发病阶段， 它 可以随着空气进行远距离的传播， 小麦感染条锈病后， 叶片会逐渐变黄、 变黑， 从而降低光 合作用， 使产量下降。 小麦条锈病涉及的范围极其广泛， 具有传播范围广、 爆发性强和危害 性大等显著特点。 因此， 研究小麦条锈病抗 性的遗传机制， 对提高小麦产量具有重要意 义。 [0003]迄今为止， 在小麦中报道了81个正式命名的和许多临时命名的条锈病抗性基因 (Yr)和数量性状位点(QT L)。 其中， Yr5、 Yr7、 Yr10、 Yr15、 Yr18、 Yr 36、 Yr46和YrSP已被克隆和 鉴定。 除了一些仍具有抗性的基因， 如Yr5、 Yr15、 Yr18、 Yr30、 Yr32、 Yr36、 Yr39、 Yr46、 Yr52 ‑ Yr54、 Yr59、 Yr61、 Yr62、 Yr65和Yr69， 其他许多基因包括Yr1 ‑Yr4、 Yr6‑Yr10、 Yr17、 Yr20 ‑ Yr22、 Yr24 ‑Yr29和Yr43已经对中国目前流行或正在出现的条锈病病原小种失去了抗性 (Krattinger  S,Lagudah  E,Spielmeyer  W,et al.A putative  ABC transporter  confers  durable resistance  to multiple  fungal pathogens  in wheat[J].Science,2009,323: 1360‑1363； Liu  W,Frick M,Huel R,et al.The stripe rust resistance  gene  Yr10encodes  an evolutionary ‑conserved  and unique CC–NBS–LRR sequence  in wheat [J].Molecular  Plant,2014,7:1740 ‑1755； Moore  J,Herrera ‑Foessel S,Lan C,et  al.Arecently  evolved hexose transporter  variant confers resistance  to  multiple pathogens in wheat[J].Nature  Genetics,2015,47:1494.)。 所以， 使用不同的 小麦品种研究并筛 选得到更多的抗条锈病基因对小麦抗病育种起到 了极其关键的作用。 [0004]小麦材料N2496相对于小麦品种川农16(国审品种)具有抗条锈、 寡分蘖、 多穗粒数 等特性。 同时， 小麦品种川农16的条锈病抗性现如今显著低于N2496。 因此， 利用N2496和川 农16构建遗传研究群体， 进一步验证小麦N2496的条锈病抗性， 定位控制高抗条锈病的基 因， 寻找紧密连锁的分子标记， 促进 条锈病抗性基因的图位克隆， 同时为小麦高抗条锈病材 料的创制及高产育种提供新基因资源， 进一步利用分子标记辅助选择， 将提高小麦条锈病 抗性预测的准确性， 提高育种效率， 加速实现增 加小麦单产的目标。 [0005]分子标记辅助选择， 不依赖于表现型选择， 即不受环境条件、 基因间互作、 基因型 与环境互作等多种因素的影响， 而是直接对基因型进 行选择， 因而能大大提高育种效率。 竞 争性等位基因特异性PCR(Kompetitive  Allele Specific PCR)， 可在广泛的基因组DNA样说　明　书 1/11 页 3 CN 114836556 A 3