(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 20221027689 9.4 (22)申请日 2022.03.21 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114369650 A (43)申请公布日 2022.04.19 (73)专利权人 深圳市仙湖植物园 （深圳市园林 研究中心） 地址 518000 广东省深圳市罗湖区莲塘街 道仙湖路16 0号 (72)发明人 董珊珊　余进　 (74)专利代理 机构 深圳青年人专利商标代理有 限公司 4 4350 专利代理师 吴桂华 (51)Int.Cl. C12Q 1/6869(2018.01) C12N 15/11(2006.01) G16B 40/30(2019.01) G16B 20/10(2019.01) G16B 25/20(2019.01) G16B 30/10(2019.01)(56)对比文件 CN 113278611 A,2021.08.20 CN 106086013 A,2016.1 1.09 CN 109337956 A,2019.02.15 CN 112888794 A,2021.0 6.01 EP 3677692 A1,2020.07.08 AU 201520 3545 A1,2015.07.23 Sarah Ban k et al.Transcriptome and target DNA enric hment sequence data provide new i nsights i nto the phyl ogeny of vespid wasps (Hymen optera: Aculeata: Vespidae). 《Mo lecular Phyl ogenetics and Evolution》 .2017,第1 16卷 Niharika Sharma et al.Transcriptome- wide profi ling and expres sion analysis of transcripti on factor fami lies in a liverwort, Marc hantia po lymorpha. 《BM C Genomics》 .2013,第14卷 (续) 审查员 张扬 (54)发明名称 捕获探针的设计方法、 捕获探 针及其应用 (57)摘要 本发明涉及生物 技术领域， 本发明公开了一 种捕获探针的设计方法、 捕获探针及其应用。 其 中， 捕获探针的设计方法包括： 采集苔类植物类 群的样本， 将样本经过预处理后进行转录组测 序， 获得原始测序数据； 对原始测序数据进行过 滤、 转录组组装， 获得样本的蛋白质序列和核苷 酸序列； 对蛋白质序列进行聚类分析， 获得直系 同源单拷贝基因， 对直系同源单拷贝基因的核苷 酸序列进行比对、 抽取， 获得目标单拷贝基因； 对 目标单拷贝基因进行筛选获得目标基因序列， 根 据目标基因序列设计DNA短序列， 根据 DNA短序列 获得互补的RNA短序列， 根据RNA短序列合成捕获 探针。 本发 明提供的捕获探针应用于苔类植物的基因组测序效率高， 成本低， 富 集效果显著。 [转续页] 权利要求书1页 说明书5页 序列表19页 附图2页 CN 114369650 B 2022.06.17 CN 114369650 B (56)对比文件 Stefan A. Rensi ng et al.Mos s transcriptome and beyo nd. 《TREND S in Plant Science》 .20 02,第07卷(第12期), 舒江平 等.基 于系统基因 组学分析揭示 早 期陆生植物的复杂网状进化关系. 《生物多样 性》 .2017,第25卷(第0 6期), 毛建丰 等.结合系统发育与群 体遗传学分析检验杂交是否存在的技 术策略. 《生物多样 性》 .2017,第25卷(第0 6期), 何其邹洪 等.单细胞测序技 术及其在植物 中的研究进 展. 《中国细胞生物学 学报》 .2020, (第04期), 蒋费涛 等.转录组学技 术及其在植物系统 学上的研究进 展. 《现代盐化工》 .2020,(第04 期),2/2 页 2[接上页] CN 114369650 B1.一种捕获探针的设计方法， 其特 征在于， 包括： 采集苔类植物类群的样本， 将所述样本经过预处理后进行转录组测序， 获得原始测序 数据； 对所述原始测序数据进行过滤、 转录组组装， 获得所述样本的蛋白质序列和核苷酸序 列； 对所述蛋白质序列进行聚类分析， 获得直系同源单拷贝基因， 对所述直系同源单拷贝 基因的核苷酸序列进行比对、 抽取， 获得目标 单拷贝基因； 对所述目标单拷贝基因进行筛选获得目标基因序列， 根据所述目标基因序列设计DNA 短序列， 根据所述DNA短序列获得互补的RNA短序列， 根据所述RNA短序列合成捕获探针， 所 述捕获探针的核苷酸序列如探针序列组SEQ  ID NO.1~SEQ ID NO.100所示； 其中， 所述对所述目标 单拷贝基因进行筛 选获得目标基因序列， 包括： 所述筛选的序列相似度为70%~80%， 长度为80 0~3000bp， 类群占有率> 70%。 2.根据权利要求1所述的捕获探针的设计方法， 其特征在于， 所述预处理包括分离、 冲 洗、 镜检、 急冻 、 研磨。 3.根据权利要求1所述的捕获探针的设计方法， 其特征在于， 所述转录组测序包括： 提 取所述样本的RNA， 根据所述RNA进行文库构建和转录组测序。 4.根据权利要求1所述的捕 获探针的设计方法， 其特征在于， 所述对所述蛋白质序列进 行聚类分析， 获得直系同源单拷贝基因， 包括： 根据苔类植物类群的所述蛋白质序列和外类群的蛋白质序列进行聚类分析获得同源 蛋白质家族的聚类簇； 根据所述聚类簇 筛选类群占有率>6 5%的直系同源单拷贝基因。 5.根据权利要求1所述的捕获探针的设计方法， 其特征在于， 所述DNA短序列的步长为 70~90bp， 互相重 叠的长度为34~54bp。 6.一种捕获探针， 其特征在于， 所述捕获探针的核苷酸序列如探针序列组SEQ  ID NO.1 ~SEQ ID NO.100所示。 7.一种如权利要求6所述的捕获探针在基因测序方面的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114369650 B 3