(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210256631.4 (22)申请日 2022.03.16 (71)申请人 四川省农业科 学院作物研究所 地址 610066 四川省成 都市锦江区狮子山2 区 (72)发明人 刘利平　高方远　任光俊　任鄄胜　 吕建群　刘松　 (74)专利代理 机构 成都知棋知识产权代理事务 所(普通合伙) 51325 专利代理师 马晓静 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种水稻糊化 温度基因ALK的分子标记及其 引物和应用 (57)摘要 本发明公开了一种水稻糊化 温度基因A LK的 分子标记及其引物和应用， 该分子标记物的核苷 酸序列如SEQ  ID NO.3和SEQ  ID NO.4所示。 高碱 消值水稻扩增产物的核苷酸序列如SEQ  ID No.3 所示， 中碱消值水稻扩增产物的核苷酸序列如 SEQ ID No.4所示， 杂合基因型水稻材料同时扩 增出如SEQ  ID No.3所示和如SEQ  ID No.4所示 的条带。 本发 明能够实现使用简单可靠的方法快 速检测水稻分子标记辅助育种高/中碱消值材料 的鉴定。 权利要求书1页 说明书6页 序列表1页 附图2页 CN 114480720 A 2022.05.13 CN 114480720 A 1.一种水稻糊化温度基因ALK的分子标记物， 其特征在于， 该分子标记物的核苷酸序列 如SEQ ID NO.3和SEQ  ID NO.4所示。 2.一种水稻糊化温度基因ALK的分子标记的引物对， 其特征在于， 该引物对针对如权利 要求1所述的分子标记 物， 该引物对的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1和SEQ  ID NO.2所示。 3.如权利要求1所述的分子标记物在高/中碱消值水稻材料的鉴定及高碱消值材料选 择育种中的应用。 4.一种鉴定高/中碱消值水稻材 料的方法， 其特 征在于， 该 方法包含： 以待检测水稻材料的基因组为DNA模板， 采用如权利 要求2所述的引物对进行PCR扩增， 根据扩增产物判断： 若待检测水稻材料扩增出长度为143bp的条带， 则该待检测水稻材料为高碱消值水稻 材料； 若待检测水稻材料扩增出长度为147bp的条带， 则该待检测水稻材料为中碱消值水稻 材料。 5.根据权利 要求4所述的方法， 其特征在于， 所述PCR扩增的扩增体系包含： DNA模板、 如 权利要求2所述的引物对、 2 ×Taq Mix和双蒸水。 6.根据权利要求5所述的方法， 其特征在于， 所述2 ×Taq Mix包含： PCRbuffer、 Mg2+、 dNTP mixture和Taq酶。 7.根据权利要求4所述的方法， 其特征在于， 所述PCR扩增的程序为： 94℃预变性5min； 94℃变性3 0s， 55℃退火3 0s， 72℃延伸3 0s， 30个循环； 72℃延伸5mi n。 8.根据权利要求 4所述的方法， 其特 征在于， 所述PCR扩增的产物进行凝胶电泳检测。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114480720 A 2一种水稻糊化温度基因ALK的分子标记及其引物和应用 技术领域 [0001]本发明涉及 一种水稻糊化温度基因的分子标记， 具体涉及一种水稻糊化温度基 因 ALK的分子标记及其引物和应用。 背景技术 [0002]稻米品质主要包含了碾磨品质、 外观品质、 营养品质和蒸煮食味品质等4个方面。 这4个品质性状的评价指标涵盖了一系列物理到生化的特性。 水稻自身的遗传因素是决定 这些性状的主要原因， 因此， 研究稻米品质的一系列遗传机理具有极为重要的意义。 到目前 为止， 科学家们已对多个与稻米品质相关的基因进 行了QTL定位， 其中部 分已被克隆并进 行 了功能验证， 这些被克隆的基因和QTL， 多数已被开发成分子标记， 利用这些分子标记辅助 选择技术可以提高水稻品质改良的育种效率。 [0003]稻米的蒸煮食味品质(eating  and cooking quality， ECQ)是评价水稻品质最为 重要的指标之一， 其决定了米饭蒸煮时的一系 列特性、 以及米饭煮熟后的质地和黏度等。 目 前在国际上所用的稻米蒸煮食味品质评价指标基本规范统一， 其中主要包括直链淀粉含量 (Amylose  Content， AC)、 胶稠度(Gel  Consistency， GC)和糊化温度(Gelatinization   Temperature， GT)3个主 要理化性状。 [0004]糊化温度是指水稻淀粉颗粒在加热过程中发生的不可逆膨胀， 且淀粉晶体结构开 始融化时的一个温度范围， 它 是反映稻米在蒸煮过程中所需要的能量、 水分和时间以及稻 米胀性的一个指标。 一般糊化温度高的稻米， 其蒸煮时需要的水分和时间就更多， 米饭也就 越难煮熟。 同时， 糊化温度是仅次于直链淀粉含量的评价水稻稻米蒸煮品质的重要指标， 稻 米的糊化温度范围一般是在55℃到79℃之间， 根据水稻品种稻米特性的不同， 其糊化温度 可以分为高糊化温度(>74℃)、 中糊化 温度(70℃ ～74℃)以及低糊化 温度(<70℃)三个不同 的级别。 [0005]由于条件的限制， 对糊化温度直接进行测定 的操作比较困难， 所以通常我们采用 其它的方式来间接的表示糊化温度的高低。 目前， 主要采用碱消值(Alkali  spread value， ASV)、 成糊 温度(pasting  temperature)或者差示扫描量热法(Differential  Scanning   Calorimetry， DSC)等来衡量稻米糊化温度。 其中， 碱消值是指稻米的整精米在1.7％KOH溶 液中恒温(30℃ ±2℃)培养24h后其米粒的消解程度， 其与糊化温度是呈负相关， 即消解程 度越高， 则对应的糊化温度就越低。 一般将碱消值分为7个级别， 其中低碱消值1～2级对应 的是高糊化温度(GT>74℃)， 中碱消值3～5级则对应中糊化温度(GT在70℃ ‑74℃范围内)， 而高碱消值6～7级对应低糊化温度(GT＜70℃)。 人们 通常针对用米的目的， 选择糊化温度 不同的品种， 以ASV 为6～7级的稻米品质为高品质， 因为其在蒸煮时不需要太多的水分和太 久的时间， 而 罐头制作则需要高糊化温度的品种。 因此对水稻糊化温度基因的克隆， 有助于 水稻品质的分子改良。 [0006]目前的研究表明， 糊化温度主要受ALK基因控制 。 ALK基因又称为SSS Ⅱa或SSSⅡ‑ 3， 在水稻胚乳中特异表达， 主要负责延伸 支链淀粉的短支链和合成中等长度的葡聚糖链，说　明　书 1/6 页 3 CN 114480720 A 3