(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210235298.9 (22)申请日 2022.03.11 (71)申请人 中国林业科 学研究院热 带林业研究 所 地址 510000 广东省广州市天河区广汕一 路682号 申请人 中国农业科 学院深圳农业基因 组研 究所 (72)发明人 洪舟　武志强　廖雪竹　徐大平　 杨曾奖　 (74)专利代理 机构 北京超凡宏宇专利代理事务 所(特殊普通 合伙) 11463 专利代理师 张金铭 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01)C12Q 1/6869(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 对海南黄花梨及其近缘极易混淆种进行树 种识别的方法及应用 (57)摘要 本发明提供了一种对海南黄花梨及其近缘 极易混淆种进行树种识别的方法及应用， 涉及物 种鉴别技术领域， 本发明提供的对海南黄花梨及 其近缘极易 混淆种进行树种识别的方法， 以叶绿 体全基因组为基准进行鉴别， 相较于单个或多个 片段而言， 可 以提供更多的变异位点， 实现精准 鉴别。 并且， 在DNA水平上进行的树种识别不易受 地域、 生长期及生长环境等的影响， 具有较高的 稳定性。 此外， 只需要有 合格的DNA样品和计算机 操作平台即可开展工作， 操作简单， 成本低廉， 应 用本发明提供的方法可建立标准化的操作流程， 具有广阔的应用前 景。 权利要求书1页 说明书6页 附图1页 CN 114736978 A 2022.07.12 CN 114736978 A 1.一种对 海南黄花梨及其近缘极易混淆种进行树种识别的方法， 其特 征在于， 包括： 提取待鉴定树种的总DNA， 进行测序与序列拼接和组装， 得到待鉴定树种的全叶绿体基 因组序列； 将所述待鉴定树种的全叶绿体基因组序列与标准参照序列比对并构建系统进化 树； 根据待鉴定树种与标准参照序列支的聚集结果， 实现对海南黄花梨及其近缘极易混淆 种的树种识别。 2.据权利要求1所述的方法， 其特征在于， 所述标准参照序列包括海南黄花梨 MT644131、 越南黄花梨MT644133、 巴西黑黄檀MT644130、 黑黄檀MT644128、 巴里黄檀 MT644134、 奥式黄檀MT64 4132、 黄檀MT64 4129和MT644135交趾黄檀。 3.根据权利要求1所述的方法， 其特 征在于， 取待鉴定树种的叶片， 研磨后提取总DNA； 优选地， 通过Q IAGEN DNeasy Plant Maxi Kit试剂盒提取待鉴定树种的总DNA。 4.根据权利要求1所述的方法， 其特征在于， 将所述鉴定树种的总DNA进行高通量测序， 获取一定读长的片段序列； 优选地， 应用I llumina二代测序平台进行高通 量测序； 优选地， 所述 一定读长的片段序列为8.0～10.0Gb数据量的片段序列； 优选地， 还包括按照N  bases>10％和low ‑quality bases≤5>50％标准进行数据过滤 的步骤， 得到 6.0～8.0Gb数据量的片段序列。 5.根据权利要求4所述的方法， 其特征在于， 拼接时使用Trimmomatic对所述片段序列 进行质控； 优选地， 利用bwa  v0.7.17‑r1188软件将所述片段序列与NCBI叶绿体数据库进行比对， 然后使用Picard  v2.20.3程序筛 选叶绿体序列； 优选地， 筛选出的叶绿体序列通过Spades  v3.14.0以默认参数进行从头组装， 并将输 出的GFA文件导入到Banda ge v0.8.1中， 得到待鉴定树种的全叶绿体 基因组序列。 6.根据权利要求5所述的方法， 其特征在于， 还包括通过质体基因组注释软件对所述待 鉴定树种的全叶绿体 基因组序列进行基因结构注释的步骤。 7.根据权利要求1所述的方法， 其特征在于， 比对后去 除空缺和比对模糊区域的序列， 然后将得到的核苷酸序列进行串联并构建系统进化 树； 优选地， 使用MAFFT  v7.464软件进行比对， 使用TrimAL  v1.4去除空缺和比对模糊区域 的序列； 优选地， 使用I Q‑TREE v2.0构建系统进化 树。 8.根据权利要求7所述的方法， 其特征在于， 用于比对和构建系统进化树的序列为待鉴 定树种的保守蛋白编码基因最长的CD S序列。 9.根据权利要求1 ‑8任一项所述的方法， 其特征在于， 当所述聚集结果为待鉴定树种与 标准参照序列聚为一支， 且支持率大于50％时， 实现海南黄花梨及其近缘极易混淆种的树 种识别。 10.权利要求1 ‑9任一项所述的方法在鉴别海南黄花梨树种中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114736978 A 2对海南黄花 梨及其近缘 极易混淆种进行树种识别的方 法及 应用 技术领域 [0001]本发明涉及物种鉴别技术领域， 尤其是涉及一种对海南黄花梨及其近缘极易混淆 种进行树种识别的方法及应用。 背景技术 [0002]红木作为一类珍贵的木材资源， 是经长期自然形成的经过归类 的木材商品名， 而 不是树木分类学上某个树种的名称。 随着国民经济的快速增长， 人们对木质材料 的追求不 论质还是量 都越来越高， 红木市场近几年更是火爆异常， 需求量极大的增长， 而优质正宗的 红木类资源非常短缺， 于是以次充好、 以假乱真的现象十分普遍。 2000年， 国家标准GB/T   18107‑2000规定 《红木》 确定了5属8类33个树种。 降香黄檀(Dalbergia  odorifera  T.Chen) 俗称海南黄花梨被定为唯一的黄檀属 ‑香枝木类， 是我国特有 珍贵红木树种。 市场上还有另 外一种黄檀属木材， 材色、 密度及构造与降香黄檀极为相似， 也作为黄花梨在市场上流通， 因其产地主要为越南， 市场上俗称越南香枝(Dalbergia  tonkinensis  Prain)或越南黄花 梨， 它与降香黄檀同属但产地不同， 品性悬殊、 价格相差甚远， 市场上常有人以越南香枝木 假冒降香黄檀， 这让消费者甚至部 分专业鉴定人员难以识别， 以致消费者、 经营者均可能蒙 受极大经济损失。 采取与现代科学鉴察手段相结合的方法， 寻找简便、 高效、 准确的方法来 鉴别红木 显得迫在眉睫。 [0003]有鉴于此， 特提出本发明。 发明内容 [0004]本发明的目的之一在于提供一种对海南黄花梨及其近缘极易混淆种进行树种识 别的方法， 以至少解决现有技 术中存在的技 术问题之一。 [0005]本发明的目的之二在于提供上述对海南黄花梨及其近缘极易混淆种进行树种识 别的方法的应用。 [0006]为了实现本发明的上述目的， 特采用以下技 术方案： [0007]本发明提供了一种对海南黄花梨及其近缘极易混淆种进行树种识别的方法， 包 括： [0008]提取待鉴定树种的总D NA， 进行测序与序列拼接和组装， 得到待鉴定树种的全叶绿 体基因组序列； 将所述待鉴定树种的全叶绿体基因组序列与标准参照序列比对并构建系统 进化树； 根据待鉴定树种与标准参照序列支的聚集结果， 实现对海南黄花梨及其近缘极易 混淆种的树种识别。 [0009]进一步的， 所述标准参照序列包括海南黄花梨MT644131、 越南黄花梨MT644133、 巴 西黑黄檀MT644130、 黑黄檀MT644128、 巴里黄檀MT644134、 奥式黄檀MT644132、 黄檀 MT644129和MT644135交趾黄檀。 [0010]进一步的， 取待鉴定树种的叶片， 研磨后提取总DNA；说　明　书 1/6 页 3 CN 114736978 A 3