(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210239091.9 (22)申请日 2022.03.11 (71)申请人 广西壮族自治区水产科 学研究院 地址 530021 广西壮 族自治区南宁市青山 路8号 (72)发明人 彭敏　黄光华　潘传燕　黄玉柳　 杨春玲　曾地刚　冯鹏霏　江林源　 陈秀荔　李满园　农仕琼　 (74)专利代理 机构 南宁深之意专利代理事务所 (特殊普通 合伙) 45123 代理人 卢颖 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6869(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 罗氏沼虾 生长性状相关的SNP分子标记及其 应用 (57)摘要 本发明公开了一种罗氏沼虾生长性状相关 的SNP分子标记， 所述SNP分子标记包 括序列表中 序列1～3所示的核苷酸序列。 将所述的SNP分子 标记用于罗氏沼虾的选择育种， 其通过提取待测 罗氏沼虾 基因组DNA进行PCR扩增以及PCR扩增产 物纯化， 然后对得到的产物进行测序， 确定所述 的SNP分子标记的基因型， 从而选择在生长性状 方面具有优势的基因型个体进行罗氏沼虾品种 育种。 本发明利用所述SNP分子标记作为罗氏沼 虾生长的功能标记， 用于选育具有优秀生长性状 的罗氏沼虾品种， 可 以有效节约生产成本， 进一 步提高罗氏沼虾的经济价 值和养殖推广价 值。 权利要求书2页 说明书6页 序列表8页 附图1页 CN 114395635 A 2022.04.26 CN 114395635 A 1.一种罗氏沼虾生长性状相关的SNP分子标记， 其特征在于： 包括分子标记A、 分子标记 B和分子标记C； 所述分子标记A具有如序列表中序列1所示的核苷酸序列， 序列1所示的核苷酸序列中 c.863碱基处的碱基为T或C； 所述分子标记B具有如序列表中序列2所示的核苷酸序列， 序列2所示的核苷酸序列中 c.194碱基处的碱基为A或C； 所述分子标记C具有如序列表中序列3所示的核苷酸序列， 序列3所示的核苷酸序列中 c.1101碱基处的碱基为T或C 。 2.一种如权利要求1所述的罗氏沼虾生长性状相关的SNP分子标记的应用， 其特征在 于： 将所述的SNP分子标记用于罗氏沼虾的选择育种， 其通过提取待测罗氏沼虾基因组DNA 进行PCR扩增以及P CR扩增产物纯化， 然后对得到的产物进行测序， 确定所述的SNP分子标记 的基因型； 当分子标记A的基因型为CC基因型时， 选择该个体作为后备亲本进 行罗氏沼虾品 种育种； 当分子标记B的基因型为CC基因型时， 选择该个体作为后备亲本进 行罗氏沼虾品种 育种； 当分子标记C的基因型为TT基因型时， 选择该个体作为后备亲本进 行罗氏沼虾品种育 种。 3.根据权利要求2所述的罗氏沼虾生长性状相关的SNP分子标记 的应用， 其特征在于： 在所述PCR扩增以及PCR扩增产物纯化过程中， 用于检测上述罗氏沼虾生长性状相关 的SNP 分子标记的引物组， 其包括引物组合A、 引物组合B和引物组合C； 所述引物组合A用于检测所述分子标记 A， 其包括以下引物： 上游引物 A： CTTTGACTGCG GCGACAT； 下游引物 A： GGAGAACGGGTAATGATGAA； 所述引物组合B用于检测所述分子标记B， 其包括以下引物： 上游引物B： CAC CGCTATAAGTGCCAACA； 下游引物B： T TGGCGATGATGTCGTGT TTC； 所述引物组合C用于检测所述分子标记C， 其包括以下引物： 上游引物C： A AGCCCTACGACCCGAAGAAGT； 下游引物C： AG GGTGCGGTTAGACTCAT。 4.根据权利要求3所述的罗氏沼虾生长性状相关的SNP分子标记 的应用， 其特征在于： 将所述的SNP分子标记用于罗氏沼虾的选择育种的方法， 其包括以下步骤： （1） DNA提取： 取待测的罗氏沼虾个 体， 采集其肌肉组织进行基因 组DNA的提取； （2） PCR扩增： 将步骤 （1） 中提取得到的基因组DNA作为模板进行PCR扩增得到PCR扩增产 物； 所述PCR扩增的反应体系总体积为30 μl， 其中包括1μl或2 μl的模板， 15 μl的PC80 ‑2×F8  FastLong  PCR MasterMix， 1.5 μl的引物溶液， 余量为双蒸水； 所述引物溶液是引物溶液A、 引物溶液B和引物溶液C中任意一种溶液， 所述引物溶液A中含有浓度为5 µmol/L的上游引物 A和浓度为5 µmol/L的下游引物A， 所述引物溶液B中含有浓度为5 µmol/L的上游引物B和浓度 为5µmol/L的下游引物B， 所述引物溶液C中含有浓度为5 µmol/L的上游引物C和浓度为5 µ mol/L的下游引物C； 所述PCR扩增的反应程序包括以下步骤： S100、 在95℃下 预变性5mi n；权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114395635 A 2S101、 在94℃下变性3 0s， 58℃下 退火30s， 72℃下延伸3 0s， 进行3 5个循环； S102、 在72℃下延伸10mi n； （3） PCR扩增产物的纯化： 取步骤 （2） 中得到的PCR扩增产物离心后， 加入1μl的消化液混 合均匀后， 上P CR仪进行纯化反应得到待测序产 物； 所述消化液是将虾碱性磷酸酶和核酸外 切酶等体积混合得到的； 所述纯化反应的程序包括以下步骤： S200、 在37℃下6 0min； S201、 在80℃下15mi n； S202、 在15℃下保存； （4） PCR扩增产物的测序： 取步骤 （3） 得到的待测序产物1μl， 加入测序引物溶液1μl和3 μ l的MIX溶液得到混合溶 液， 将混合溶 液离心后进行以下测序程序： S300、 在96℃下 预变性2mi n； S301、 在96℃下变性10s， 在5 5℃下退火5s， 在6 0℃下延伸90s， 进行25个 循环； S302、 在15℃下保存， 并且取混合溶 液上测序仪进行测序； 所述测序引物溶液是采用与待测序产物对应使用的引物溶液， 并且将该引物溶液进行 稀释， 使得总引物的浓度为3.2pmol/ μl； 所述MIX溶液是将BigDye和Sequencing  Buffer按 照1:2的体积比混合得到的； （5） 根据测序结果， 确定所述的SNP分子标记的基因型， 选择在生长性状方面具有优势 的基因型个 体进行罗氏沼虾品种育种。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114395635 A 3