(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210075286.4 (22)申请日 2022.01.22 (71)申请人 北京新基永康生物科技有限公司 地址 102600 北京市大兴区北京经济技 术 开发区科创十四街99号2幢201室、 402 室 (72)发明人 韩敏　韩晶　任鹏飞　王俊峰　 王玉朗　 (51)Int.Cl. C12Q 1/689(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12Q 1/6848(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12R 1/01(2006.01) (54)发明名称 检测或鉴定幽门螺杆菌耐药基因突变的方 法、 引物探 针组合物、 应用、 试剂盒及使用方法 (57)摘要 本申请涉及突变检测的技术领域， 更具体地 说， 它涉及检测或鉴定幽门螺杆菌耐药基因突变 的方法、 引物探针组合物、 应用、 试剂盒及使用方 法。 引物探针组合物包括ARMS引物探针组合物和 其它序列特异性引物探针组合物； ARMS引物探针 组合物用于扩增目标突变基因， 其它序列特异性 引物探针组合物用于扩增其它序列或基因； 试剂 盒含有该引物探针组合物； 试剂盒的使用方法包 括将该引物探针组合物和模板DNA结合的步骤。 本申请的引物探针组合物或试剂盒可用于幽门 螺杆菌gyrA耐药基因突变的检测或鉴定， 其具有 高通量、 高效和灵敏度高的优点。 权利要求书2页 说明书10页 序列表3页 附图2页 CN 114410811 A 2022.04.29 CN 114410811 A 1.一种检测或鉴定幽门螺杆菌耐药基因突变的方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： 设计其它序列的特异性引物探针组合物以及用于扩增和检测多个靶标突变位点的目 标引物探针组合物， 其它 序列是靶标突变位点所在序列的保守区序列或者是不同于靶标突 变位点所在序列的其它基因的保守区序列； 将所述目标引物探针组合物以及其它 序列特异 性引物探针组合物与待检测样 本的模板DNA混合， 进行ARMS ‑PCR， 并通过计算目标突变基因 与其它序列的Ct值的差值判断幽门螺杆菌耐药基因突变结果。 2.根据权利要求1所述的方法， 其特征在于， 其它序列 是靶标突变位点所在序列的保守 区序列时， 靶标突变位 点和其他序列分别所在的区域相隔5 00bp以上。 3.一种实施权利要求1 ‑2任一所述方法的检测或鉴定幽门螺杆菌耐药基因突变的引物 探针组合物， 其特征在于， 所述 耐药基因为幽门螺杆菌gyrA耐药基因， 所述目标引物探针组 合物为ARMS引物探针组合物； 所述ARMS引物探针组合物用于结合靶标突变位点， 所述其它 序列特异性引物探针组合物用于结合 其它序列。 4.根据权利 要求3所述的引物探针组合物， 其特征在于， 所述其它序列 为16S rRNA基因 序列； 所述 其它序列特异性引物探针组合物为16S  rRNA基因引物探针组合物。 5.根据权利要求3所述的引物探针组合物， 其特征在于， 所述ARMS引物探针组合物包括 通用下游引物gyrA ‑R、 探针gyrA ‑P和上游引物组合物， 所述上游引物组合物包括A260T位点 的上游引物F1、 T261G位点的上游引物F2、 T261A位点的上游引物F3、 G271A位点的上游引物 F4和上游引物F5、 G271T位点的上游引物F6和上游引物F7和A272G位点的上游引物F8和上游 引物F9中的至少两种； 其中， A260T位点的上游引物F1， 其基因序列如SEQ  ID NO 1所示； T261G位点的上游引物F2， 其基因序列如SEQ  ID NO 2所示； T261A位点的上游引物F3， 其基因序列如SEQ  ID NO 3所示； G271A位点的上游引物F4和上游引物F5， 上游引物F4的基因序列如SEQ  ID NO 4所示， 上游引物F5的基因序列如SEQ  ID NO 5所示； G271T位点的上游引物F6和F7， 上游引物F6的基因序列如SEQ  ID NO 6所示， 上游引物 F7的基因序列如SEQ  ID NO 7所示； A272G位点的上游引物F8和F9， 上游引物F8的基因序列如SEQ  ID NO 8所示， 上游引物 F9的基因序列如SEQ  ID NO 9所示； 通用下游引物gyr A‑R， 其基因序列如SEQ  ID NO 10所示； 探针gyrA‑P， 其基因序列如SEQ  ID NO 11所示。 6.根据权利 要求3所述的引物探针组合物， 其特征在于， 所述16S  rRNA基因引物探针组 合物包括上游引物16S ‑F， 其基因序列如SEQ  ID NO 12所示； 下游引物16S ‑R， 其基因序列如 SEQ ID NO 13所示； 和探针16S ‑P， 其基因序列如SEQ  ID NO 14所示。 7.根据权利要求3所述的引物探针组合物， 其特征在于， 引物探针组合物还包括内标基 因引物探针组合物， 所述内标基因为人看家基因RNP基因。 8.一种权利要求1 ‑2所述的方法和/或权利要求3 ‑7任一所述引物探针组合物在制备检 测或鉴定 幽门螺杆菌耐药基因突变的产品中的应用， 其特征在于， 所述产品为检测试剂、 检 测试剂盒 或检测芯片。 9.一种检测幽门螺杆菌gyrA耐药基因突变检测的试剂盒， 其特征在于， 含有权利要求权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114410811 A 23‑6任一所述的引物探针组合物。 10.一种权利要求9的试剂盒的使用方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： 引物探针组合物还 包括内标基因引物探针组， 所述内标基因为人看家基因RNP基因； 使得引物探针组合物和所述待检测样本的模板DNA混合， 进行ARMS ‑PCR， 使得靶标突变 位点所在序列和其它序列同时进行荧 光定量PCR反应； 其中， ARMS引物探针组合物和模板DNA上靶标突变位点所在的区域结合， 其它序列特异 性引物探针组合物和模板DNA上其它 序列所在的区域结合， 并在检测时分别得出Ct 值， 并通 过Ct值差判定待检测样本的基因突变。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114410811 A 3