ICS 65.020 SN B 16 中华人民共和国出入境检验检疫行业标准 SN/T 4877.13—2019 基因条形码筛查方法 第13部分：检疫性马铃薯Y病毒属病毒 DNA barcoding screening method-Part 13: Qurantine Potyviruses 2019-09-03发布 2020-03-01实施 中华人民共和国海关总署发布 SN/T 4877.13—2019 前言 SN/T4877《基因条形码筛查方法》分为15个部分： 一第1部分：检疫性棒形杆菌； 一第2部分：检疫性黄单胞菌； 一第3部分：检疫性植原体； 一第4部分：检疫性茎点霉； 一第5部分：检疫性拟茎点霉； 一第6部分：检疫性嗜酸菌； 第7部分：检疫性轮枝菌； 一第8部分：检疫性炭疽菌； 一第9部分：检疫性腥黑粉菌； 一第10部分：检疫性疫霉； 一第11部分：检疫性异株苋亚属； 一第12部分：黄瓜绿斑驳花叶病毒； 一第13部分：检疫性马铃薯Y病毒属病毒； 文本为准 一第14部分：检疫性南方菜豆花叶病毒属病毒 第15部分：检疫性叶点霉。 版 本部分为SN/T4877的第13部分。 本部分按照GB/T1.1一2009给出的规则起草 请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。 本部分由中华人民共和国海关总署提出并归口。 本部分起草单位：中华人民共和国北京海关、中华人民共和国青岛海关。 本部分主要起草人：邓丛良，刘兴亮、张丽杰、王英超、赵晓丽、骆卫峰、郑春生。 信息服务平台 SN/T 4877.13—2019 基因条形码筛查方法 第13部分：检疫性马铃薯Y病毒属病毒 1范围 本部分规定了检疫性马铃薯Y病毒属病毒的基因条形码筛查方法中RNA提取、基因扩增、序列的 比对分析及结果判定等。 本部分适用于寄主植物中马铃薯Y病毒属中检疫性病毒的筛查。 2规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅所注日期的版本适用于本 文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。 SN/T2122进出境植物及植物产品检疫抽样。 3术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 DNA条形码（DNAbarcode） 出版文本 DNA条形码是指生物体内能够代表该物种的、标准的、有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA 标准信息服 片段。 4马铃薯Y病毒属基本信息 中文名称：马铃薯Y病毒属 学名：genusPotyoirus 马铃薯Y病毒属属于马铃薯Y病毒科（Potyiridae），是已知最大的植物病毒属之一，占到已知植 物病毒的20%以上，其代表种是马铃薯Y病毒（PatatovirusY，PVY）。该属病毒包括香蕉苞片花叶 病毒（Bananabractmosaicvirus，BBrMV）李痘病毒（Plumporvirus，PPV）马铃薯A病毒（Potato irusA，PVA）和马铃薯V病毒（PotatovirusA，PVV)4种检疫性植物病毒。有关该病毒属的其他信 息参见附录A。 5方法原理 以马铃署Y病毒属病毒的基因组序列中的保守区域设计合成简并引物，建立该病毒属病毒基因条 形码筛查方法；并对PCR产物进行序列测定，通过序列分析确定病毒种类。因此，马铃薯Y病毒属的 分子生物学特征是制定本检测鉴定方法的主要依据。 1 SN/T 4877.13—2019 6仪器设备与试剂 6.1仪器设备与用具 研磨仪，微量天平（感量：0.001g），PCR仪，电泳仪，水平电泳槽，凝胶成像仪，高速冷冻台式离心 机，水浴槽或恒温孵育器，pH计，各种量程的可调移液器（1000μL、200μL、100μL、20μL、10L、 2 μL）等。 6.2试剂 试剂见附录B。 7筛查鉴定方法 7.1抽样检查 按照SN/T2122给出的方法进行抽样、取样。 7.2RT-PCR方法 本为准 按附录B给出的方法，进行通用RT-PCR检测。月 阴性对照，并设置空白对照。 7.3序列测定与分析 版文 将PCR产物回收后，进行克隆、测序，或者PCR产物直接测序（序列测定可由专业的生物公司完 成）。把测定的核苷酸序列及翻译后的氨基酸序列与已知马铃薯Y病毒属的病毒序列（参见附录C进 行比对。采用邻接法（或者利用MEGA6的NJ算法）构建系统发育树。 注：序列比对可利用NCBI网站上的BLAST软件进行，网址为http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 8 结果判定 8.1RT-PCR方法检测结果为阴性，则判定未检出马铃薯Y病毒属病毒。 8.2RT-PCR方法检测结果为阳性，则进行序列测定与分析： a）如果翻译后氨基酸序列与马铃薯Y病毒属已知病毒氨基酸序列同源性最高且大于80%，则判 定检出马铃薯Y病毒属病毒（具体病毒种类还需采用其他方法进一步鉴定）。 b）如果翻译后氨基酸序列与马铃薯Y病毒属已知病毒序列同源性小于80%： 如果系统发育分析表明与马铃薯Y病毒属病毒聚为一群，则判定检出马铃薯Y病毒属病 毒（具体病毒种类还需采用其他方法进一步鉴定）； 注：所检测到的病毒可能属于基因组序列尚未测定的已知病毒或尚未报道的新的病毒种类 如果系统发育分析表明与马铃薯Y病毒属病毒未聚为一群，则判定未检出马铃薯Y病毒 属病毒。 c）如果测定的基因组序列与马铃薯Y病毒属中的PPV、PVA、PPV和BBrMV中植物病毒基因 组序列同源性最高，则判定筛查出检疫性植物病毒，需要根据具体病毒的检疫鉴定标准方法进 行最终鉴定到种。 2